ROADSHOW CANCER NOUVELLE-AQUITAINE

BASE RÉGIONALE DES TUMEURS SOLIDES - BRTS -

Karine Pallier, PhD

Coordinatrice Scientifique [email protected]

Roadshow 2017-2018, le cancer, de la recherche à la prise en charge du patient

Limoges, 12 et 13 décembre 2017

BRTS – Présentation Générale  Projet multicentrique non interventionnel avec un recueil de données rétrospectives et prospectives

(étude rétrospective sur patient en cours de traitement, patients pris en charge dans les établissements publics et privés de la Haute-Vienne et de la Creuse)

 Projet soutenu par l’ARS en janvier 2014  La BRTS est composée de 2 modules : • La BRTS-Évaluation : enregistrer et visualiser la prise en charge et le suivi des patients par type de cancer • La BRTS-Recherche : faciliter la recherche clinique et translationnelle  Porteurs du projet : Centres de Coordination en Cancérologie (3C23 et 3C87)

Établissements de santé publics et privés du Limousin prenant en charge des patients atteints de cancer Extraction des données Consentement et information des patients

CrossWay

Chimio®

Mosaic® TimeWise®

RCP

Autres applications

Centralisation des données Identito-vigilance Réconciliation

C o n v e n t i o n s

Déclaration CNIL 1884667 v 1 BRTS-ÉVALUATION

VISUALISER LA PRISE EN CHARGE ET LE SUIVI DES PATIENTS Seulement accessible aux médecins prenant en charge le patient

Dé-identification

Déclaration CNIL 2023888 v 0

BRTS-RECHERCHE DÉVELOPPER DES PROJETS DE RECHERCHE Module seulement accessible aux porteurs d’un projet validé

Diversité et Hétérogénéité  COMPLEXITÉ : diversité et hétérogénéité • • • •

Structuration des Systèmes Informatiques des différents établissements partenaires Logiciels sources d’information : CrossWay, HM, Xplore, Chimio, TimeWise, Web100T, logiciel de RCP, Mosaic … Données recueillies : codées ou non, structurées ou non … Importance du nombre d’acteurs médicaux

 BESOINS (OU CONTRAINTES) • • • • • • •

Ethique, légale et réglementaire (CNIL, comité éthique, consentement …) Mise en place des instances aux règles strictes pour cadrer le projet Profil d’authentification bien défini et sécurité de l’authentification des utilisateurs Avoir un hébergeur de données commun Confidentialité et sécurité des échanges d’information (protocole TLS) Nécessité de mettre en place une base avec une structure flexible et évolutive Mise en place de thésaurus (nomenclatures médicales intégrées)

Profil d’habilitation  ADMINISTRATEURS MÉDICAUX : accès à l’ensemble des données  MÉDECINS UTILISATEURS => BRTS-Évaluation - Connexion via carte CPS Accès exclusivement aux données des patients dont ils assurent tout ou une partie de la prise en charge dans le cadre du cancer.

 PORTEURS D’UN PROJET DE RECHERCHE => BRTS-Recherche Accès uniquement après validation du projet auprès du Conseil Scientifique de la BRTS (données dé-identifiées)

CHARTE D’UTILISATION ET ENGAGEMENT CONFIDENTIALITÉ

Décrit les règles d'accès et d’utilisation des données de la BRTS et des obligations qui incombent à chaque utilisateur

Confidentialité et sécurité des échanges  HÉBERGEUR : Syndicat Inter hospitalier Limousin Poitou-Charente (SILPC) • Agréé hébergeur données de santé

 NORMES ET STANDARDS DE COMMUNICATION :

• Respect du référentiel d’authentification des acteurs de santé de l’ASIP-Santé (connexion des médecins via la carte CPS) • Respect de la confidentialité et sécurité des échanges : protocole TLS (« Transport Layer Security »)

 TRAÇABILITÉ :

• Ensemble des actions effectuées par un utilisateur visible par les administrateurs médicaux • Chaque utilisateur a accès à un historique de ses propres actions • Conservation des traces

Technologies dédiées au big data  NOUVEAU PRESTATAIRE : Société Advanced Schema Modèle de données orienté graphe sous Neo4j

 DÉFINITION DE 14 GRANDES ENTITÉS AVEC AU CENTRE LE PATIENT

 ENTITÉ TUMEUR CARACTÉRISÉE PAR UNE CLÉ COMPRENANT 4 ITEMS

• • • •

adicap organe, CIM10, adicap lésion latéralité

Clé souvent incomplète selon les sources : création d’un module de « tumeur vigilance » pour mettre en place un processus de réconciliation

Technologies dédiées au big data  INTÉGRATION AUTOMATIQUE DES DONNÉES • • • • •

Intégration en mode delta ou stock Fréquence tous les 15 jours Création Fichier pivot formats xml et csv Intégration de données hétérogènes (codées, texte brut, …) Intégration de logiciels différents : chimio, logiciel RCP …

 IDENTITOVIGILANCE • •

Réconciliation automatique si : couple IPP/Finess identique ou Nom/Prénom/sexe/DDN identiques Sinon proposition de réconciliation manuelle dans l’interface si :

 GESTION DU CONSENTEMENT : • • •

Consentement collecté dans la donnée de la fiche RCP Création d’un méta modèle avec uniquement les traits d’identito-vigilance des personnes ayant exprimé leur refus Permet de rejeter les données provenant d’autres sources au chargement des personnes ayant exprimé leur refus

BRTS-Evaluation

HISTORIQUE DE LA PRISE EN CHARGE : Passage en RCP, caractéristiques de la tumeur, données patients, actes (imagerie, biopsie, chirurgie …)

BRTS-Recherche  DÉ-IDENTIFICATION

• Suppression des traits d’identité à l’affichage en fonction de l’accès • Conservation de l’année de naissance et du sexe

 OBJECTIF

permettre la recherche multicritères

• Création d’index Elasticsearch permettant d’interroger la base Neo4j sur plusieurs critères • Intégration d’un moteur de NLP (Natural Language Processing) permettant de gérer la recherche en langage naturel et l’intégration de thésaurus (SNOMED, MeSH, CIM10, NCIt, Adicap, CIMO) • Création de comptages et de liste de patients • Export simple en csv pour une première version

Apport de la BRTS  Mise en valeur et exploitation des données médicales de nos établissements  Vision globale de la prise en charge et du suivi  Création d’une masse critique de connaissance et d’expertise permettant la mise en place de projets structurants transversaux  Standardisation des RCP  Extension à d’autres établissements

Contacts •

Pr Nicole TUBIANA-MATHIEU

•

Karine PALLIER

Présidente 3C87 Mail : [email protected]

Coordinatrice Scientifique Mail : [email protected]