OntoMénélas : motivation et retour d’expérience sur l’élaboration d’une ontologie noyau de la médecine Jean Charlet

Bruno Bachimont

Laurent Mazuel

INSERM UMRS_872, Paris, France. Assistance Publique–Hôpitaux de Paris, Paris, France.

Univ. technologique de Compiègne, Compiègne, Fance.

INSERM UMRS_872, Paris, France. [email protected]

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ABSTRACT Well-foundedness of ontologies is often debated and considered a prerequisite to their reuse. OntoM´en´elas is an ontology which has been developed during the M´en´elas project in the cardiac surgery domain in order to allow the medical coding of patient discharge summaries. This ontology is complete in the sense that it includes the 3 classical levels: top ontology, core ontology, and domain ontology. In this paper, we describe the foundations of OntoM´en´elas and our attempts to reuse its top and core levels in building two new ontologies related to emergency medicine and prenatal diagnosis. These works show that OntoM´en´elas is well-founded from a philosophical and pragmatical point of view. Nevertheless, few corrections are proposed so that it could serve as a broader and useful top and core ontology for the medical applications.

Categories and Subject Descriptors I.2.4 [Knowledge Representation Formalisms and Methods]:

General Terms Theory, Design

Keywords Top ontologies, core ontology, reusability, domain ontologies

1.

properties,

categories,

INTRODUCTION

Depuis de nombreuses ann´ees, la m´edecine a produit de nombreuses terminologies pour des applications diverses, de tous types, classification, th´esaurus et plus r´ecemment des ontologies. Cette prolif´eration d’ontologies est aussi la cons´equence d’exp´eriences d’usages et de r´eutilisation d’ontologies qui ont montr´e qu’elles ne repr´esentent correctement et de fa¸con consensuelle que des domaines r´eduits.

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En suivant ces travaux [17], on parle de terminologies de r´ef´erence et de terminologies d’interface : 1) les terminologies de r´ef´erence ont des vis´ees de repr´esentations larges et de r´ef´erentiel pour des futures ´etudes ´epid´emiologiques. La plus connue est la Snomed ; 2) les terminologies d’interface sont, elles, d´evelopp´ees pour des applications sp´ecifiques. On retrouve cette dichotomie au niveau des ontologies o` u des ontologies d’interfaces contenant des ontologies de domaines sont d´evelopp´ees pour des applications particuli`eres alors que des ontologies de r´ef´erence – i.e., toujours la Snomed dans sa version ontologique, la Snomed-CT– tendent ` a ˆetre utilis´ees pour f´ed´erer les r´esultats, souvent de l’indexation au sens large, des applications sp´ecifiques. ´ 20, nous avons d´evelopp´e un ` l’Inserm UMR S 872, Eq. A certain nombre d’ontologies pour des applications, souvent d’aide au codage m´edical, mais aussi pour des motivations de mod´elisation li´ees a ` des ´etudes d’usage [10]. La premi`ere ´ne ´las a ´et´e d´evelopp´ee dans le cond’entre elles, OntoMe ´ne ´las [24] par B. Bachimont et al. [9] et texte du projet Me porte sur le domaine de la chirurgie cardiaque1 . Plus r´ecemment, deux ontologies sont en cours de d´eveloppement, une ontologie de la m´edecine d’urgence – OntolUrgences – et une ontologie du diagnostic pr´e-natal – OntoDPN. Dans le cadre de ces d´eveloppements, il se pose la question de ce qui est g´en´erique dans la construction de nos ontologies et qui pourrait ˆetre r´eutilis´e. La r´eponse a ` ce type de question passe par une modularisation de la construction des ontologies. Il est ainsi d’usage de d´egager dans une ontologie : 1. la top-ontologie, le niveau le plus haut structurant les connaissances de haut niveau avec des cat´egories dont l’organisation d´epend de r´eflexions philosophiques ; 2. l’ontologie noyau ou core-ontologie, fournissant les concepts structurant du domaine et d´ecrivant les relations entre ces concepts – en m´edecine, on y trouve des concepts de diagnostic, signe, structure anatomique et des relations comme celles li´ees a ` la localisation d’une pathologie sur une structure anatomique ; 3. l’ontologie du domaine, c’est-` a-dire les concepts du domaine tels qu’ils sont manipul´es par les professionnels. ´ne ´las est une ontologie comDe ce point de vue, OntoMe prenant les 3 niveaux. Il est alors tentant de la r´eutiliser et de voir dans quelles conditions, elle pourrait permettre de pr´eciser un ensemble top-ontologie plus ontologie noyau pour la m´edecine.

´ne ´las a Dans la section 2, nous d´ecrivons le projet Me ` ´ne ´las, Dans la secl’origine du d´eveloppement de OntoMe ´ne ´las et ses artion 3 nous d´ecrivons pr´ecis´ement OntoMe guments philosophiques. Dans la section 4, nous d´ecrivons ´ne ´las, d’abord (cf. § 4.1) par rapla r´eutilisation d’OntoMe port a ` la construction des descriptions anatomiques de OntoDPN en lien avec le FMA2 , ensuite (cf. § 4.2) par rapport a ` l’´elaboration des repr´esentations des examens m´edicaux dans OntolUrgences. Finalement, nous discutons et concluons (cf. § 5) ce travail.

2.

MOTIVATIONS DE L’ONTOLOGIE ONTOMÉNÉLAS

´ne ´las est la conception et La base du projet Me l’impl´ementation d’un syst`eme pilote capable d’acc´eder a ` des rapports m´edicaux r´edig´es en langage naturel : ce syst`eme peut analyser le contenu de rapports m´edicaux (comptes rendus d’hospitalisation ou CRH) et l’archiver dans une base de donn´ees sous la forme d’un ensemble de structures conceptuelles (graphes conceptuels [21]). Ces structures, qui constituent la repr´esentation de chaque CRH, peuvent ensuite ˆetre consult´ees pour acc´eder a ` des informations sp´ecifiques contenues dans le CRH. Une partie des informations est encod´ee a ` l’aide de nomenclatures internationales (Cim10), ce qui permet leur ´echange a ` partir de CRH ´ecrits en diff´erentes langues. ´ne ´las est appliqu´e au domaine de la chirurgie carMe diaque. Il repose sur l’hypoth`ese que la compr´ehension d’un CRH consiste a ` construire une repr´esentation conceptuelle de la situation du monde d´ecrit dans le texte. Cette hypoth`ese peut ˆetre justifi´ee par le fait que nous nous int´eressons a ` des rapports techniques qui d´ecrivent ce qui est arriv´e au patient durant son hospitalisation. Le sous-syst`eme ´ne ´las utilise d’analyse du langage naturel inclus dans Me un analyseur morpho-syntaxique, un analyseur s´emantique et un analyseur “pragmatique”. L’analyseur s´emantique produit une repr´esentation du sens en structure conceptuelle – ici des graphes conceptuels –, qui correspond au sens litt´eral des phrases ; cette repr´esentation est construite a ` partir d’une phrase en associant des mots a ` des concepts grˆ ace a ` un lexique s´emantique qui a ` chaque mot associe une d´efinition dans les termes de cette structure : on passe “du mot au concept”. La compr´ehension d’un texte repose sur l’utilisation de connaissances m´edicales et de connaissances de sens commun qui permettent d’inf´erer de nombreuses informations implicites. Ces informations correspondent a ` des inf´erences effectu´ees naturellement par un sp´ecialiste du domaine lorsqu’il lit un CRH. L’analyseur pragmatique a pour tˆ ache d’obtenir un niveau de compr´ehension plus profond en construisant un mod`ele de la situation d´ecrite : il va “du concept au concept” [23]. ´ne ´las fournit les concepts n´ecessaires a L’ontologie de Me ` la description des connaissances m´edicales du domaine. Elle correspond a ` un support au sens des graphes conceptuels et comprend donc un treillis de concepts, un arbre de relations, et les signatures de ces derni`eres exprim´ees dans les termes 1

L’ontologie de la chirurgie cardiaque est visible a ` http: //estime.spim.jussieu.fr/Menelas/Ontologie/ et accessible sous forme de fichier OWL ` a http://purl.oclc.org/NET/ spim/ontologies/public/OntoMenelas. 2 Fundamental Model of Anatomy disponible a ` http://fme. biostr.washington.edu:8089/FME/index.html.

´ne ´las est une repr´esendes premiers. L’ontologie de Me tation conceptuelle du domaine correspondant au contenu normalis´e des textes a ` analyser. Elle est structur´ee autour de quelques distinctions clefs permettant d’appr´ehender le sens des textes. Ces textes narrent l’histoire du patient et les principaux faits et actions m´edicaux le concernant : l’affection qui a motiv´e son hospitalisation, les examens dont il a ´et´e l’objet et leurs r´esultats, les ´eventuelles actions m´edicales (op´erations, interventions en urgence) et enfin les d´ecisions concernant son futur th´erapeutique. L’ontologie doit permettre de repr´esenter tout cela, en fournissant une biblioth`eque des descripteurs du domaine. ´ne ´las Ces attendus justifient la construction de OntoMe et la r´eflexion m´etaphysique qui a ´et´e men´ee et que nous d´ecrivons dans la section suivante.

3.

ONTOMÉNÉLAS : DESCRIPTION ET PRINCIPES

3.1

Principes généraux de structuration

´ne ´las est une ontologie de 1832 concepts reOntoMe posant sur des principes g´en´eraux de structuration. En particulier, on retiendra les points suivants: • L’ontologie mod´elise des notions et non des objets. Autrement dit, l’enjeu est de repr´esenter des concepts, de cerner leur signification, et non de repr´esenter une th´eorie sur le monde. • Mais ces concepts ont pour vocation de dire quelque chose sur le monde : il faut d´efinir comment le concept signifie en relation avec le monde qu’il d´ecrit ou vise. • On s’aper¸coit alors qu’on peut d´efinir diff´erents types de signification, c’est-` a-dire des mani`eres de signifier diff´erentes selon des cat´egories de concept. Par exemple, un concept de nombre ne signifiera pas de la mˆeme mani`ere qu’un concept de pomme, puisque nombre et pomme sont des objets trop diff´erents pour ˆetre signifi´es de la mˆeme mani`ere. Par cons´equent, il faut prendre en compte de multiples points de vue qui ne viennent pas seulement des n´ecessit´es propres aux domaines que l’on veut ´etudier (chaque domaine mobilisant des notions particuli`eres) mais aussi des mani`eres de penser sp´ecifiques, qu’il faut donc pouvoir prendre en compte. Or, parmi ces mani`eres de penser, certaines distinctions majeures se sont impos´ees dans la tradition tant philosophique que mod´elisatrice ; ce sont essentiellement trois couples de propri´et´es : Universel et particulier : classiquement, un universel est ce qui se dit de plusieurs [1], un particulier est un ceci, un objet qui ne peut se dire de plusieurs. Les universaux se manifestent d’un point de vue linguistique par les noms communs, et les particuliers par les noms propres. D´ ependant et ind´ ependant : un objet ind´ependant est un objet qui peut se d´efinir sans faire appel a ` un autre objet n´ecessaire pour son existence ou sa conception. La relation de d´ependance s’´etablit souvent via le test de la suppression : si on supprime un objet, est-ce que tel autre est encore pensable ? L’exemple classique de la d´ependance est le lien entre la couleur et la surface :

une couleur est forc´ement ´etendue, on ne peut penser la couleur sans l’espace. Cette notion de d´ependance a ´et´e notamment mise en lumi`ere par Husserl dans ses Recherches Logiques [14], en proposant d’ailleurs le terme de “moment” pour ´evoquer les contenus d´ependants. Abstrait et concret : un concret est un objet qui poss`ede une localisation dans le temps et dans l’espace. Des discussions portent sur la nature plus ou moins concr`ete d’un objet quand il ne poss`ede qu’une localisation temporelle par exemple, et pas de localisation spatiale. Un abstrait sera alors un objet ne poss´edant aucune localisation, temporelle ou spatiale. Mais on peut aussi avoir une autre mani`ere d’opposer l’abstrait et le concret : est concret ce qui est complet, ce qui n’attend plus de d´etermination suppl´ementaire pour ˆetre d´eclar´e existant dans son ordre de r´ealit´e, et abstrait ce qui est ind´etermin´e, insatur´e, et qui attend donc une d´etermination suppl´ementaire pour ˆetre complet. De ce dernier point de vue par exemple, un nombre entier est concret, mˆeme s’il n’appartient pas au monde spatio-temporel. Mais la couleur est un abstrait, elle n’existe jamais seule. Autrement dit, un concret est ind´ependant tandis qu’un abstrait est contenu d´ependant (voir a ` ce propos les remarques de Simons [20]). A partir de l` a, on construit une combinatoire entre ces propri´et´es, les plus classiques ´etant (en prenant la notion d’abstrait / concret sur l’opposition d´ependance / ind´ependance) : • les particuliers concrets ; ce sont les objets du monde physique et sensible : Socrate, Platon, cette table, cet ordinateur. • les particuliers abstraits ; ce sont les moments d´ependants des particuliers concrets : le talent oratoire de Barack Obama, la rougeur de la pomme, etc. ; • les universaux concrets ; c’est par exemple la Socrat´eit´e : l’objet concret qu’on peut attribuer a ` tous les objets partageant la mˆeme Socrat´eit´e ; Williams [22] note ainsi : “La Socrat´eit´e totale, dont toutes les cr´eatures qui lui sont exactement semblables sont des parties ou des membres est un “universel concret” (traduction dans [12]). • les universaux abstraits ; ce sont les cat´egories habituelles, les termes communs comme “ˆetre humain”, ou “pomme”. Ces distinctions recoupent, mais pour partie seulement, les c´el`ebres distinctions d’Aristote dans son trait´ees des Cat´egories o` u, dans la partie portant sur les pr´epr´edicaments, dans le second chapitre, il distingue entre “ce qui se dit d’un sujet” ou non, c’est-` a-dire l’universel, et “ce qui est dans un sujet” ou non. En combinant ces propri´et´es, on retrouve 4 cat´egories fondamentales : la substance premi`ere ou substance particuli`ere qui ne se dit ni n’est dans un sujet (e.g. Socrate), la substance seconde ou substance universelle qui se dit d’un sujet mais n’est pas dans un sujet (e.g. l’humanit´e de Socrate), l’accident particulier qui est dans un sujet mais ne se dit pas d’un sujet (la rougeur), et

l’accident universel qui se dit d’un sujet, et est dans un sujet, mais pas forc´ement le mˆeme (e.g. la science qui est dans le savant, et qui se dit d’un – autre – sujet, la grammaire). Ce d´ecoupage ne correspond pas directement a ` celui ´evoqu´e plus haut (voir les arguments d’Alain de Libera pour une discussion [11]). Ces multiples caract´erisations vont donner lieu ` a des conceptions m´etaphysiques diff´erents, selon les combinaisons que l’on retient comme existantes ou non dans la r´ealit´e. On retrouvera ainsi les grandes oppositions classiques de la Querelle des universaux [16], reprises par la modernit´e [2]. On notera essentiellement, pour m´emoire, les principales positions : • le r´ealisme des universaux : les universaux existent pour eux mˆemes, et expliquent ce qu’il y a de commun entre plusieurs instances dont on pr´edique / affirme ces universaux ; mais comment et o` u existent-ils, l` a est la question. • le nominalisme, qui soutient que les universaux ne sont que des mani`eres de parler. Mais du coup, si on n’a plus le probl`eme ontologique de r´esoudre le mode d’ˆetre de l’universel, on a le probl`eme d’expliquer ce que faisait tr`es bien l’universel: pourquoi a-t-on un terme pour parler des objets qui se ressemblent plutˆ ot que des termes pour rassembler des objets n’ayant aucun rapport entre eux ? Souvent, on postule une relation de ressemblance primitive qui r´esout cette difficult´e sans qu’on ait a ` postuler d’autres entit´es. Mais quel est le statut de cette relation ? Chaque position poss`ede ses nuances et ses variations. L’une des plus connus est la th´eorie des tropes, ou particuliers abstraits, qui postule que les particuliers sont des ensembles de tropes. On se rend compte, devant une telle multiplicit´e, qu’on n’aura pas les mˆemes cat´egories et donc les mˆemes ontologies cat´egoriales selon le point de vue adopt´ee.

3.2

Les principes de Ménélas

On retrouvera des consid´erations analogues dans la d´efinition de l’ontologie de M´en´elas. On trouvera ci-contre le haut de l’ontologie de M´en´elas que l’on expliquera de la mani`ere suivante.

3.2.1

Entité, Substratum, abstrait, idéal

Dans M´en´elas, toute entit´e est un substratum en tant qu’elle peut ˆetre l’objet d’un jugement. Le substratum, ce ce qui peut ˆetre le substrat du jugement, ce dont on peut parler. On reste coh´erent avec la d´efinition de l’ontologie : l’ontologie contient des concepts, non des objets, c’est-` adire des notions pouvant participer a ` des jugements, les primitives des connaissances que l’on va exprimer. Par cons´equent, on ne peut mobiliser dans l’ontologie que ce qui est pensable et exprimable, et non ce qui existe. Le substratum se divise ensuite entre substrats id´eaux et substrats abstraits. Une entit´e est abstraite dans la mesure o` u elle n’existe pas en elle-mˆeme mais seulement a ` travers des objets physiques qui la r´ealisent. Ainsi, le concept de “pomme” est un concept abstrait, car ce qui est vis´e dans le concept, ce sont les pommes, pas le concept lui-mˆeme. Autrement dit, le sens du concept abstrait est de se rapporter a ` des objets qui ne sont pas lui mais dont il est une ab-

straction permettant de les viser (l’existence propre du concept abstrait est une autre question que nous n’abordons pas ici). Il faut donc abstraire des pommes concr`etes le concept abstrait de pomme. Selon le lexique aristot´elicien, les concepts abstraits sont des entit´es in re, c’est-` a-dire des notions qui n’existent que r´ealis´ees dans des individus. L’intuition sous-jacente est qu’une entit´e est abstraite quand elle se retrouve d´emultipli´ee en de multiples exemplaires d`es lors qu’on la consid`ere dans le temps et l’espace. Les concepts id´eaux sont des concepts qui existent pour eux-mˆemes, comme des individus. L’id´ee est que le concept co¨ıncide avec les individus dont il est le concept. On retrouvera les concepts visant les objets id´eaux, qui sont uniques par d´efinition (il n’y a qu’un seul nombre π). L’intuition sous-jacente est que ces entit´es, existant en dehors de l’espace et du temps, ne se d´emultiplient pas quand on les consid`ere selon l’espace et le temps, contrairement aux objets abstraits : le concept de pomme se d´emultiplie dans les diff´erents pommes que l’on trouve dans le monde ou l’espace-temps.

3.3

Les modes d’instanciation de l’abstrait

Le principe est donc que l’abstrait s’instancie selon le temps et l’espace, alors que l’id´eal non. Or, on retiendra qu’on a deux modes principaux d’instanciation : l’instanciation dans l’espace, et l’instanciation dans le temps. Les concepts qui s’individuent de mani`ere multiple dans l’espace seront des objets physiques : en revanche, ils ne s’individuent pas selon le temps. Un objet physique reste lui-mˆeme, identique a ` lui-mˆeme quand on le consid`ere temporellement. C’est bien ´evidemment discutable, car cela n´eglige la transformation qu’impose le temps aux individus “physiques”. Par ailleurs, les concepts qui s’individuent dans le temps seront les entit´es n’ayant d’existence que temporellement, et qui se d´emultiplient selon le temps: les processus, les ´ev´enements, les changements. Mais ici une subtilit´e est introduite. L’espace et le temps ne sont pas deux cadres sym´etriques d’instanciation. Pour reprendre une distinction d’origine kantienne, l’espace caract´erise les ph´enom`enes externes a ` la conscience, le temps les ph´enom`enes internes. On se souvient en effet que dans la Critique de la raison pure, l’espace est la forme du sens externe, le temps du sens interne. Ce que cela sugg`ere, c’est que le temps n’existe que pour une conscience qui vise a ` travers lui une entit´e. Autrement dit, si on reprend un autre r´ef´erence appartenant au mˆeme univers philosophique, on a affaire a ` une conscience intentionnelle, puisque, selon Husserl (Ideen I ), toute conscience est conscience de quelque chose, donc une conscience temporelle de quelque chose, temporellement vis´e donc. On dira donc que le second mode d’instanciation de l’abstrait sera le mode intentionnel : une entit´e abstraite peut donc ˆetre soit un objet physique (pos´e dans l’espace) soit un objet intentionnel (vis´e temporellement).

3.4

Les objets physiques

Un objet physique est donc un objet abstrait instanci´e dans l’espace. Les objets instanci´es sont des objets concrets, au sens o` u ils sont ind´ependants et particuliers : ils ne s’instancient plus selon une quelconque modalit´e (on ne les dit pas de plusieurs, dans le lexique aristot´elicien). Un objet physique sera d´efini par trois types de propri´et´es essentielles :

• il poss`ede une localisation spatiale ; ceci, par d´efinition de la notion d’objet physique ; • il poss`ede une forme, une morphologie ; • il poss`ede enfin un pouvoir causal. Mais on s’aper¸coit qu’on parle souvent d’objets physiques qui ne poss`edent pas toujours ces trois propri´et´es. Bien que linguistiquement on les traite comme des objets physiques, ces entit´es d´erogent cependant a ` l’une des propri´et´es. On les appellera pour cela des pseudo-objets : on en parle comme des objets physiques, ils se comportent presque comme des objets physiques, mais ce ne sont pas des objets physiques. Cette notion de pseudo-objet est pratique dans la mesure o` u l’on trouve, notamment en m´edecine, des objets qui ne poss`edent qu’une morphologie et une localisation, mais pas de pouvoir causal propre. Bref, par leur forme, ils ressemblent a ` des objets sans en ˆetre vraiment. Par exemple, le thorax a une forme, une localisation, mais ne poss`ede en propre aucun rˆ ole causal. Pourtant, on en parle comme d’un objet. On rangera donc ce concept sous celui de pseudo-objet. De mˆeme, le trou dans une meule de fromage n’est pas un objet physique, sinon par abus de langage. Il d´esigne une localisation, voire une morphologie. Pour exister et ˆetre d´esign´e, il faut le que fromage autour existe : cette d´ependance est ici le signe de son caract`ere “pseudo”. Plus pr´ecis´ement, on distinguera autant de types de pseudo-objet que propri´et´e qui les d´efinit comme pseudoobjet, par rapport aux deux autres qui leur manquent pour n’en faire que des pseudo-objets ; on aura ainsi : Les objets morphologiques : ce sont les objets qui se d´efinissent comme des formes, mais qui ne poss`edent pas de pouvoir causal, ni toujours de localisation ; on aura ainsi les individus morphologiques (ils ont un lieu) comme le thorax, les r´eseaux morphologiques comme les r´eseaux sanguins, lymphatiques, etc., et enfin les segments morphologiques qui correspondent a ` une morphologie lin´eaire. On retrouvera par exemple les segments d’´electrocardiogrammes, qui sont des formes typiques que l’on caract´erise comme telles dans ces examens. Les objets syst´ emiques : la coh´esion donnant le caract`ere objectif est ici fonctionnel ou organique ; c’est par une mutuelle d´ependance fonctionnelle que les diff´erentes parties distinguables constituent un objet. Les objets informationnels : Ces objets ne poss`edent ni forme ni localisation, mais un pouvoir causal dans la mesure o` u ils ont une influence sur le monde. Un exemple dans le monde m´edical est la prescription. Ces objets informationnels correspondent au contenu des objets physiques qui seront les documents o` u ces prescriptions par exemple sont inscrites. On pourrait les consid´erer alors comme des objets abstraits, ou encore comme des objets id´eaux, si on veut caract´eriser la signification pour elle-mˆeme. Ce point m´erite encore quelques ´elucidations. L’objet morphologique peut ne prendre en compte qu’une dimension d’une notion : par exemple, on pourra avoir le syst`eme sanguin, qui poss`ede un pouvoir causal, auquel on associera le r´eseau sanguin qui vise la forme du r´eseau en

tant que telle et non son pouvoir causal. Si l’on veut caract´eriser plus avant, on posera que le syst`eme sanguin est quant a ` lui compos´e d’objets physiques comme les vaisseaux, qui sont des objets physiques au sens plein du terme : ils poss`edent une forme, un pouvoir causal, une localisation. L’int´erˆet de cette notion d’objet morphologique est de pouvoir qualifier un objet uniquement comme une forme, comme cela arrive souvent en m´edecine : abordant un monde d’objets qu’on n’a pas cr´e´es soi-mˆeme, on ne connaˆıt souvent un objet que par sa forme qui se manifeste a ` nous, sans que l’on soit capable d’en connaˆıtre davantage, en particulier ses relations causales. Bref, on a des objets qui s’imposent davantage a ` nous par leur ph´enom´enalit´e que par leur consistance physique pleine et enti`ere, et qui donc restent incomplets pour nous dans notre mani`ere de les appr´ehender. Les objets r´eels sont les autres types d’objets physiques que l’on peut avoir a ` cˆ ot´e des pseudo-objets. Ces objets sont des objets au sens plein du terme et poss`edent donc une localisation dans l’espace, une morphologie et un pouvoir causal. On retrouvera sous ces objets r´eels les distinctions d´esormais classiques entre les objets massiques et discrets, naturels ou artificiels, etc.

3.5

Les objets intentionnels

Les entit´es abstraites sont abstraites dans la mesure o` u elles peuvent s’instancier dans un univers de r´ef´erence, spatial ou temporel en fait. Elles sont abstraites des entit´es concr`etes qui les manifestent et instancient. Les objets dits physiques sont une premi`ere sorte d’objets abstraits. Les objets intentionnels constituent la seconde sorte. Mais si l’on dit que les objets intentionnels sont des entit´es abstraites instanci´ees dans le temps, c’est-` a-dire dont le temps est un principe d’individuation, la question est de savoir pourquoi on les appelle ici “intentionnels”.

3.5.1

Pourquoi des objets intentionnels ?

La raison est a ` la fois propre a ` M´en´elas d’une part et d´eduite de consid´erations plus th´eoriques d’autre part. L’objectif de M´en´elas ´etait de traiter les comptes rendus d’hospitalisation, notamment dans le domaine de la coronarographie. Or, dans ce type de compte rendu, on rend compte du raisonnement m´edical, de la repr´esentation que les m´edecins se font de la maladie et de l’´etat du patient. Si l’on veut rendre compte des connaissances mobilis´ees dans ce type de compte rendu, et c’est bien l’objectif de l’ontologie pr´esent´ee ici, il faut ˆetre capable de d´ecrire non seulement l’´etat du monde, mais ´egalement la mani`ere dont on se le repr´esente. Par exemple, il faut pouvoir dire que telle repr´esentation est une hypoth`ese ou une croyance, et non un fait. Le contenu de la repr´esentation est le mˆeme, qu’il s’agisse d’un fait ou une croyance, mais la modalit´e est diff´erente. On retrouve ainsi des consid´erations tr`es proches de celles propos´ees nagu`ere par la philosophie analytique, notamment les attitudes propositionnelles de Bertrand Russell, ou celles de la ph´enom´enologie, notamment les propos de la cinqui`eme Recherche Logique de Husserl quand il distingue la mati`ere du jugement de sa qualit´e. La question est alors de savoir comment articuler ces diff´erentes notions dans l’ontologie et les rattacher aux concepts de haut niveau que sont les objets abstraits ou id´eaux. D’une part, ces entit´es intentionnelles sont abstraites. En effet, elles sont abstraites de la vie de l’esprit (attitudes propositionnelles) ou de la conscience (les jugements dans la

ph´enom´enologie). Mais la vie de l’esprit ou de la conscience (selon la tradition que l’on mobilise) est temporelle : les faits de conscience ne sont pas individu´es par leur position dans l’espace mais par leur position temporelle (on parle ici de la conscience qui se d´efinit comme un flux et une succession de pens´ees : si on consid`ere les faits de conscience comme le font les sciences cognitives, on aura tendance a ` les consid´erer comme des objets spatiaux localis´es dans le cerveau). Par cons´equent, les entit´es intentionnelles sont temporelles. Mais si elles sont intentionnelles, c’est qu’elles portent sur un contenu, sur une repr´esentation. Elle vise un ´etat ou un processus du monde. Du coup, on peut en d´eduire que: • tout objet, tout fait est donn´e pour une conscience, et est le corr´elat d’un ´etat intentionnel. Autrement dit, on n’envisage pas un fait ou un objet physique dans l’absolu, mais toujours comme le contenu d’une conscience qui le vise selon une certaine modalit´e. Cette modalit´e peut varier de la simple affirmation au doute en passant par la croyance. • on affirme ainsi une dissym´etrie entre le temps et l’espace : le temps pr´ec`ede l’espace dans la mesure o` u, forme du sens interne, principe d’individuation des faits de conscience, le temps est l’instance pr´ealable depuis laquelle toute entit´e spatiale est consid´er´ee. • Cette dissym´etrie peut paraˆıtre surprenante si on se place du point de vue impersonnel et physique habituel; mais ici, on consid`ere que l’ontologie contient toutes les notions auxquelles on peut penser; on ne d´ecrit donc pas le monde tel qu’il est, mais le monde tel qu’on y pense, et donc si une entit´e est consign´ee dans l’ontologie c’est qu’elle est l’objet ou le contenu d’une pens´ee qui le vise. Sur ce point pr´ecis, il y a la place pour un d´ebat philosophique, ainsi qu’en t´emoignent les ´ecrits de Barry Smith, qui r´ecusent le point de vue ph´enom´enologique notamment. Mais si philosophiquement, nous adoptons ce dernier point de vue, pragmatiquement, c’est justifi´e par le fait que nous voulons, dans M´en´elas repr´esenter le point du m´edecin, c’est-` a-dire de la repr´esentation m´edicale. Donc on ne d´ecrit pas le monde tel qu’il est et qu’il s’impose au m´edecin, mais le monde tel que le voit ce dernier et la mani`ere dont il raisonne dessus. En pratique, cela va nous conduire a ` adopter des expressions refl´etant des attitudes propositionnelles. On aura ainsi, exprim´ees en graphes conceptuels, des expressions du type suivant : [state_of-mind](content)-->[intentional_object: _x] (noetic_modality)-->[thetic_modality:_t] (timed_modality)-->[temporal_object] o` u l’on voit un ´etat de conscience qui vise (content) un objet intentionnel (intentional-object), qui poss`ede donc une localisation temporelle (temporal-object) et une modalit´e no´etique, c’est-` a-dire la mani`ere dont on pense le contenu et donc on le pose (thetic-modality). Cette formulation est ´evidemment assez lourde, mais elle s’av`ere a ` la pratique puissante car elle permet d’exprimer de mani`ere coh´erente les faits et les points de vue sur les faits.

3.5.2

Le contenu des objets intentionnels

Les objets intentionnels sont des objets vis´es par la conscience qui les appr´ehende temporellement. La forme temporelle de ces objets est donc la premi`ere caract´eristique les constituant. Parmi les objets intentionnels on distinguera les objets mat´eriels des objets cat´egoriaux : alors que ces derniers ont une valeur de v´erit´e d´etermin´ee de mani`ere analytique par leur constitution, les objets mat´eriels ont une valeur de v´erit´e qui d´epend du contexte: sa valeur de v´erit´e est synth´etique. Les objets intentionnels cat´egoriaux seront de la forme de conjonction, disjonction, ou implication d’objets intentionnels. La donn´ee de la valeur de v´erit´e de ces objets suffit a ` d´eterminer la valeur de v´erit´e de leur ensemble cat´egorial qui est ainsi v´erifonctionnelle. Parmi les objets intentionnels mat´eriels, on distinguera les ´etats et les changements. • les ´etats : ce sont les descriptions d’objets du monde et de relations les articulant, consid´er´es comme ne variant pas ; on distingue autant de types d’´etats que de mondes que l’on peut d´ecrire a ` travers leur ´etat; on aura un monde physique, id´eal ou mental. Chaque ´etat est l’´etat d’un objet (relation (state of)). • les changements : on d´ecrit ce qui change d’un ´etat a ` un autre. On distingue les changements intentionnels de ceux qui ne le sont pas. Parmi les changements intentionnels, on peut avoir les changements concernant le monde mental, quand on change d’´etat d’esprit (la r´eflexion m´edicale), ou le monde physique (action dans le monde). Les changements intentionnels mentaux sont int´eressants en m´edecine car on pourra distinguer le fait de changer son ´etat d’esprit par pure r´eflexion, ou via une exp´erimentation ou mesure dans le monde, notamment via les examens cliniques et paracliniques. Cette distinction permet d’inclure facilement ces notions fondamentales de la pratique m´edicale. Finalement, les changements non intentionnels concernent les ´ev´enements (caract`ere ponctuel) des procesus (caract`ere continu). Les ´ev´enements seront ainsi dans M´en´elas des h´emorragies, les embolies, etc. Les processus sont quant de plusieurs natures : ceux qui concernent la morphologie des objets, leur physique et enfin les processus culturels.

4.

RÉUTILISER ONTOMENELAS

Nous allons donc, dans cette section, d´ecrire deux exp´eri´ne ´las: ences de r´eutilisation de OntoMe • dans la premi`ere exp´erience (cf. § 4.1) nous construisons une ontologie du diagnostic pr´enatal (OntoDPN) et nous ´etudions comment la structure de ´ne ´las nous permet de tenir compte de la OntoMe structure de la FMA et de l’enrichir ; • dans la seconde exp´erience (cf. § 4.2), nous analysons ´ne ´las permet de comment la structure de OntoMe repr´esenter les examens m´edicaux dans une ontologie de la m´edecine d’urgence – OntolUrgences– que nous sommes en train de d´evelopper. Ces 2 ontologies ont vocation ` a ˆetre utilis´ees dans des syst`emes d’annotation s´emantique, a ` savoir rep´erer dans des textes les structures conceptuelles impliqu´ees et construire une repr´esentation conceptuelle idoine pour des applications

de recherche d’information ou de codage. C’est en pratique ´ne ´las, dans un autre la mˆeme motivation que le projet Me domaine et avec un peu moins d’ambition.

4.1 4.1.1

OntoMénélas et la FMA Problématique

La r´eutilisation de ressources ontologiques pour aborder la construction d’une nouvelle ontologie selon une strat´egie modulaire a ´et´e un des aspects centraux de notre m´ethodologie pour la construction d’OntoDPN. Cette ontologie du diagnostic pr´enatal a pour premier objectif de repr´esenter la s´emiologie de l’imagerie pr´enatale. Cette s´emiologie ´etant pour une large partie morphologique (descriptions de structures anatomiques du fœtus), nous avons opt´e pour la r´eutilisation de l’ontologie de r´ef´erence pour l’anatomie humaine ´etablie par le Structural Informatics Group au sein de la Washington University School of Medicine : le Foundational Model of Anatomy (FMA) [19, 18]. Le domaine du diagnostic pr´enatal comporte bien d’autres types de concepts que les signes morphologiques et les structures anatomiques ; ainsi les techniques d’imagerie, les types d’examens, les regroupements de signes en syndromes et associations malformatives, et plus g´en´eralement les concepts de diagnostic, de pronostic, de gravit´e, etc.. Nous avons donc opt´e pour la r´eutilisation d’une ´ne ´las correspondant aux niveaux de toppartie d’OntoMe ontologie et d’une ontologie noyau pour la m´edecine, n´ecessaires a ` la mod´elisation de notre domaine. L’utilisation du FMA version 3.0 en l’´etat, en introduisant tr`es haut dans la hi´erarchie des concepts, au niveau du con´ne ´las de substratum, la distinction entre les entit´es cept Me anatomiques (correspondant au concept Anatomical entity) d’une part et les autres concepts d’autre part, n’a pas ´et´e retenue. Le FMA ayant vocation selon ses auteurs euxmˆemes [18] a ` ˆetre r´eutilis´e en partie et adapt´e a ` un usage sp´ecifique, nous n’avons pas repris l’int´egralit´e du FMA pour l’inclure dans OntoDPN, mais nous l’avons utilis´e comme r´ef´erence pour guider notre construction d’ontologie de domaine. Cette d´emarche nous a permis d’articuler de mani`ere appropri´ee les concepts anatomiques d´eriv´es du FMA aux concepts s´emiologiques d´efinis pour le diagnostic pr´enatal, par ´ne ´las. leurs relations a ` l’ontologie noyau de OntoMe Nous avons, par une m´ethode de traitement automatique des langues puis par une analyse d’expert du domaine, isol´e les descriptions de signes d’imagerie du fœtus a ` partir de corpus textuels constitu´es de 194 143 comptes rendus d’´echographies pr´enatales et de 917 comptes rendus de radiologie pr´enatale (imagerie par r´esonance magn´etique et tomodensitom´etrie). Pour chacune de ces descriptions, les ´el´ements de l’anatomie associ´ee sont identifi´es et recherch´es au sein du FMA afin d’ˆetre nomm´es, organis´es et en partie annot´es de mani`ere analogue au FMA. Un signe morphologique dans OntoDPN est ainsi reli´e a ` une entit´e anatomique existante dans le FMA, ou a ` un nouveau concept anatomique le cas ´ech´eant.

4.1.2

Modélisation

Les choix de mod´elisation des concepts anatomiques a ` partir de l’identification des ´el´ements d’anatomie identifi´es ont ´et´e diff´erents en fonction des situations : Concept absent du FMA. Certains

concepts

anatomiques identifi´es par notre m´ethode sont assez sp´ecifiques au diagnostic pr´enatal comme celui de liquide amniotique (PortionOfAnmioticFluid ). Dans cette situation, un nouveau concept est cr´e´e (figure 1.C), en accord avec la logique du FMA: PortionOfAnmioticFluid est donc positionn´e comme fils de PortionOfBodySubstance, en dessous du concept sp´ecifique a ` OntoDPN: GestationalSubstance, elle-mˆeme cr´e´ee dans le respect de la logique du FMA. Concept pr´ esent dans le FMA, mais absent pour le fœtus. Certains ´el´ements d’anatomie existent a ` la fois chez la m`ere et chez le fœtus et doivent pouvoir ˆetre mod´elis´es sans ambigu¨ıt´e d’appartenance. Sous le concept de GestationalStructure du FMA, il existe des concepts propres au fœtus et a ` l’embryon. Ces concepts sont cependant tr`es insuffisants pour notre ontologie, ne permettant de repr´esenter uniquement le cœur et l’ut´erus du fœtus comme organes sp´ecifiques. Nous avons dans cette situation choisi de proc´eder en deux ´etapes : • La premi`ere est de d´eplacer le concept de GestationalStructure original du FMA au mˆeme niveau que celui d’AnatomicalStructure (figure 1.B) qui est renomm´e en NonGestationalStructure (figure 1.A) ces deux concepts sont fr`eres, ayant comme p`ere commun le concept d’AnatomicalStructure qui permet de faire l’interface avec le concept d’Inanimate du bas de la partie ontologie noyau ´ne ´las. de OntoMe • La seconde ´etape consiste en la reprise des concepts du FMA pour la m`ere en dessous du concept NonGestationalStructure, en utilisant des labels identiques. Pour les concepts d’anatomie fœtale, les concepts sont annot´es avec le caract`ere “ F” en suffixe pour pr´eciser qu’ils traitent du fœtus, mais leur hi´erarchie est reprise de mani`ere identique ` a celle du FMA pour l’adulte (ce sont les concepts “FMA-like”, cf. figure 1.) Nous avons ainsi distingu´e les structures anatomiques pour les organismes en d´eveloppement en pr´enatal (sous GestationalStructure) des structures anatomiques post-natales (sous NonGestationalStructure), en assurant le haut niveau de granularit´e n´ecessaire a ` notre mod`ele pour l’anatomie pr´enatale. Concept pr´ esent dans le FMA dont un des p` eres correspond ` a un concept d’OntoM´ en´ elas. Par exemple, les espaces anatomiques d´efinis dans le FMA correspondent ` a des fils du concept de PseudoObjet ´ne ´las. Nous avons choisi la hauteur de d’OntoMe raccordement entre les deux ontologies pour pouvoir ´ne ´las utiles au utiliser les autres fils des concepts Me domaine (figure 1.D) comme les concepts de SystemicObject et de SociologicObject. Les concepts d’espaces anatomiques ´etant sp´ecialis´e pour l’embryon et le fœtus sous GestationalSpace, nous les avons repris tels quels. Concept pr´ esent dans le FMA avec une position inconsistente avec OntoMenelas. Les concepts de syst`emes d’organes (OrganSystem et OrganSystemSubdivision) dans le FMA ne sont pas int´egrables sous le

concept d’AnatomicalStructure qui ne comporte pas la notion d’organisation autour d’une fonction particuli`ere, notion pr´esente dans la d´efinition de Syst`eme en Anatomie. Afin de conserver cette s´emantique, ces concepts sont d´efinis comme fils du con´ne ´las PhysicalSystemicObject (figcept d’OntoMe ure 1.E). De plus, la distinction entre les syst`emes gestationnels et non gestationnels est assur´ee par deux concepts d’interface GestationalPhysicalSystemicObject et NonGestationalPhysicalSystemicObject, de mani`ere analogue au concept d’AnatomicalStructure.

4.1.3

Discussion

Pour construire la partie anatomique d’OntoDPN de mani`ere coh´erente avec son usage, nous avons adopt´e une strat´egie proche de celle qui a ´et´e utilis´ee pour la version 2.0 de RadLex [15] : nous avons r´eutilis´e les concepts n´ecessaires a ` notre ontologie de domaine. Notre d´emarche se distingue cependant de celle de RadLex sur certains points importants : tout d’abord, nous avons identifi´e les concepts anatomiques n´ecessaires selon une m´ethodologie sp´ecifique (traitement automatique des langues) ; ensuite, nous avons choisi d’utiliser une top-ontologie de la M´edecine afin de raccorder des concepts de s´emiologie d’imagerie ; enfin, nous avons dans certains cas du adapter le FMA a ` notre usage en dupliquant ou en d´efinissant de nouveaux concepts. Les diff´erents temps importants du raccordement du FMA ´ne ´las sont donc : 1) ajustement du niveau de et de OntoMe raccordement des deux ontologies en fonction de l’usage de l’ontologie construite ; 2) utilisation de concepts d’interface ; 3) pour le contexte du diagnostic pr´enatal, n´ecessit´e d’une duplication d’une partie du FMA et 4) ajout de concepts absents du FMA pour ce mˆeme contexte

4.1.4

Perspectives

Apr`es le raccordement des concepts dans un arbre de relation de subsomption, l’int´egration des relations de partitions (qui sont majeures dans une mod´elisation de l’anatomie) est une perspective de travail pour la poursuite de la construction d’OntoDPN.

4.2 4.2.1

Modélisation des examens médicaux dans OntolUrgences Vision simplifiée des examens patients aux urgences

Dans le cadre de la cr´eation de l’ontologie des Urgences (OntolUrgences), nous avons ´et´e amen´e a ` mod´eliser de fa¸con d´etaill´ee les examens et bilans m´edicaux effectu´es par les urgentistes a ` l’arriv´ee d’un patient. De mani`ere tr`es simplifi´ee, ces examens se r´epartissent en plusieurs types : a) les examens cliniques, qui concernent les examens effectu´es directement sur le patient, tels que la prise de la tension, du pouls ou de la temp´erature; b) les examens biologiques, qui concernent les ´etudes faites a ` partir d’une prise de sang du patient et c) les examens d’imagerie, qui correspondent a ` l’´echographie ou a ` la radiographie. Chacun de ces examens repr´esente une donn´ee du patient admis aux urgences a ` l’instant de l’examen. D’autre part, ces examens peuvent donner des r´esultats : • directs: au sens que la valeur est directement transmise par la mesure, tels que la fr´equence cardiaque ou la tension art´erielle;

Figure 1: Raccordement M´ en´ elas et FMA. A : concepts d´ eriv´ es de structure anatomique pour l’anatomie adulte. B : concepts d´ eriv´ es de structure anatomique pour l’anatomie du fœtus et de l’embryon. C: Concepts d´ eriv´ es des substances du corps humain. D : Concepts d’espaces anatomiques. E : Concepts de syst` emes d’organes.

D

E

is-a

EmbryonicSpace

is-a

is-a

OrganSystemSubdivision_F

is-a

is-a

is-a

OrganSystemSubdivision

is-a

is-a

is-a

OrganSystem

is-a

is-a

B

PortionOfBlood

is-a

ViewPoint

is-a

Substance

is-a

MetaAbstractObject

is-a

is-a

Body_F

is-a

is-a

FetalStructure

PortionOfBlood_F

AnatomicalCluster_F

PortionOfPlasma_F

is-a

is-a

Cell_F

is-a

is-a

Organ_F

is-a

ExtraEmbryonicStructure

is-a

Placenta

is-a

UmbilicalCord

EmbryonicStructure

is-a

GestationalStructure

is-a

is-a

Animate

is-a

Fetus

is-a

is-a

HumanBeing

is-a

Body

is-a

is-a

Cell

is-a

Organ

NonGestationalStructure

Embryo

is-a

GestationalOrganism

is-a

AnatomicalCluster

A

AnatomicalStructure

is-a

Inanimate

is-a

CountableObject

FMA-like Concepts

FMA-moved Concept

FMA-genuine Concept

OntoDPN Concept

OntoMenelas Concept

PortionOfAmnioticFluid

is-a

GestationalSubstance

is-a

PortionOfBodySubstance

is-a

NonGestationalSubstance

Tissue

is-a

MassObject

is-a

is-a

RealObject

Notion

PhysicalObject

PortionOfPlasma

C

is-a

is-a

is-a

NonGestationalPhysicalSystemicObject

PhysicalSystemicObject

is-a

SystemicObject

SociologicObject

GestationalPhysicalSystemicObject

FetalSpace

is-a

GestationalSpace

is-a

AnatomicalSpace

OrganSystem_F

AnatomicalBoundaryEntity

is-a

ImmaterialAnatomicalEntity

is-a

MorphologicObject

is-a

PseudoObject

IntentionalObject

is-a

is-a

DerivedNotion

IdealObject

is-a

Substratum

AbstractObject

is-a

is-a

Entity

• calcul´es: au sens que la valeur est obtenue par un calcul li´e a ` des mesures. L’exemple le plus classique est le calcul de la clairance de la cr´eatinine, qui est calcul´e en fonction d’autre param`etres directs par la formule de Cokroft. Pour le projet OntolUrgences, il est important de pouvoir mod´eliser au mieux ce type d’information, afin de pouvoir faire ressortir rapidement les informations m´edicales pertinentes ` a un urgentiste.

4.2.2

Conceptualisation ontologique des examens aux urgences

La figure 2 pr´esente un exemple de conceptualisation dans OntolUrgences autour du dosage de la cr´eatinine d’un pa´ne ´las comme base hi´erarchique tient en utilisant OntoMe pour la top-ontologie et l’ontologie noyau. Dans le cadre de la mod´elisation des examens m´edicaux de ´ne ´las l’ontologie OntolUrgences, l’utilisation d’OntoMe permet une conceptualisation r´epartie du type: • Substance: concept g´en´eral repr´esentant toute substance utile pour l’ontologie de domaine. Dans notre exemple, cela permet de classer le concept “cr´eatinine”. • Attribut physiologique: repr´esente les attributs li´es a ` une entit´e vivante (dans notre cas cela implique un patient). Par exemple, le “taux de cr´eatinine sanguin” et le “taux de cr´eatinine urinaire”.

´ne ´las, parfois complexes en terconstruction de OntoMe mes de conceptualisation, sont puissants en termes de puissance de repr´esentation. Dans cet article, nous n’avons pas abord´e le probl`eme des relations. D’abord pour une raison pratique dans ´ne ´las, d´evelopp´ee en graphes conla mesure o` u OntoMe ceptuels n’´etait pas, jusque r´ecemment, enti`erement remise dans le format OWL qui permet d’interagir facilement dessus. Ensuite, parce que c’est un probl`eme complexe que d’´elucider l’ensemble des relations n´ecessaires dans le do´ne ´las, avec ses 400 relations a maine m´edical. OntoMe toutes les chances, comme au niveau des concepts, de couvrir les besoins des ontologies de domaine que l’on veut y raccorder. Mais il reste a ` mener le mˆeme type de travail que pour les concepts, a ` savoir ´eliciter sans a priori les relations ´ne ´las fournit d´ej` n´ecessaires et v´erifier que OntoMe a les relations demand´ees ou propose la structure pour les accueillir si elles n’existent pas. Les r´eflexions sur la top-ontologie et l’ontologie noyau ´ne ´las rejoignent d’autres initiatives qui tentent d’OntoMe a ` construire une ontologie noyau de la m´edecine. On peut citer principalement le travail autour de Galen4 et celui autour de BioTop5 . Cette derni`ere ´etant elle mˆeme raccroch´ee a ` la top-ontologie Dolce6 . Par rapport a ` ces travaux, deux r´eflexions peuvent ˆetre faites : • En plus des principes de construction m´etaphysique, ´ne ´las a ´et´e construite en respectant des OntoMe principes de pure hi´erarchie (au moins dans les hauts niveau) et en explicitant, quand c’est n´ecessaire, des principes diff´erentiels [3, 4]. Les principes diff´erentiels ne sont pas aussi explicitement d´ecrits dans les autres travaux. En revanche, le fait que l’ontologie primitive est une pure hi´erarchie est une propri´et´e explicit´ee dans toutes les approches.

• Examen: repr´esente l’acte de faire un examen m´edical a ` un patient. Les trois cat´egories ´evoqu´ees pr´ec´edemment sont cr´e´ees comme sp´ecialisation de ce concept (“examen biologie”, “examen imagerie” et “examen clinique”). A noter que pour des raisons de place, l’exemple de la figure 2 ne pr´esente pas le concept “pr´el`evement sanguin”, mais il trouve de mˆeme naturellement sa place dans la hi´erarchie ´ne ´las comme un “acte d’exploration intentionde OntoMe nel”.3 ´ne ´las propose aussi une Notons d’autre part que OntoMe conceptualisation hi´erarchique des relations entre concepts ´ne ´las ne soient pas encore (bien que les relations d’OntoMe pleinement reutilisables, cf. § 5). Par exemple, la relation “attr” relie un “attribut” a ` un “objet abstrait” pour signifier qu’un objet peut avoir des attributs. Sur notre exemple, c’est par une sp´ecialisation de cette relation que nous pouvons cr´eer une relation “a comme clairance de la cr´eatinine” entre le concept de “patient” et de le concept de “clairance de la cr´eatinine”.

5.

DISCUSSION ET CONCLUSION

Dans la place impartie ` a cet article, nous nous sommes re´ne ´las et a streint a ` d´ecrire le haut de OntoMe ` montrer comment elle pouvait ˆetre r´eutilis´ee dans d’autres domaines que celui – chirurgie cardiaque – pour lequel elle avait ´et´e originellement construite. Les travaux qui se poursuivent dans l’´elaboration des 2 ontologies, OntoDPN et OntolUr´ne ´las fournit bien une topgences, montrent que OntoMe ontologie et une ontologie noyau. De plus, les principes de 3 Par rapport a ` la figure 2, cela repr´esente une extension du noeud “objet intentionnel”.

• Les r´eflexions m´etaphysiques a ` la base de la construction des ontologies sont suffisamment complexes pour qu’il ne soit pas facile de comparer les diff´erentes ontologies noyau. Par rapport a ` ce travail, notre point de vue est qu’il faut fouiller et exp´erimenter de fa¸con approfondie ce que l’on pense ˆetre une ontologie noyau pour mieux saisir les crit`eres qui vont permettre de la comparer a ` d’autres. C’est dans cette direction que nous allons. Nous avons ainsi commenc´e un travail o` u nous comparons les diff´erentes top-ontologies propos´ees pour expliciter les principes sous-jacent [13, 5]. Le but n’´etant pas de dire laquelle est la meilleure mais plutˆ ot de se donner les crit`eres pour choisir, en fonction du domaine a ` mod´eliser, quelle est la plus ad´equate. Le travail pr´esent´e ici est un premier pas vers une ontologie noyau de la m´edecine. Il reste encore quelques ´etapes, en particulier poursuivre le travail d’´elaboration des ontologies OntoDPN et OntolUrgences pour v´erifier qu’elles s’accordent bien a ` l’ontologie noyau propos´ee. Nous ferons aussi de mˆeme pour l’ontologie de la pneumologie que nous avons d´evelopp´ee ind´ependamment d’une ontologie noyau [6, 8, 7]. Ce travail nous permet de v´erifier l’ontologie noyau ´ne ´las, voire de la corriger dans certains cas. C’est a de Me ` 4

http://www.opengalen.org http://www.imbi.uni-freiburg.de/ontology/biotop/ 6 http://wiki.loa-cnr.it/index.php/LoaWiki: Ontologies 5

Figure 2: Exemple de conceptualisation hi´ erarchique autour de la mesure du taux de cr´ eatinine d’un patient dans OntolUrgences.

toutes ces conditions que nous pourrons mettre a ` disposition une ontologie noyau coh´erente de la m´edecine, aussi utile que “magnifique” pour reprendre le qualificatif d’un r´ecent appel a ` communication.

6.

REMERCIEMENTS

Les auteurs remercient Pierre Zweigenbaum qui a dirig´e ´ne ´las et Pierre Gayet et Patrick Miroux, le projet Me m´edecins urgentistes, qui nous ´epaulent dans la construction de l’ontologie de la m´edecine d’urgence.

7.

[6]

ADDITIONAL AUTHORS

Ferdinand Dhombres, INSERM UMRS 872, Eq. 20, Paris, France. Service de Gyn´ecologie-Obst´etrique et Centre de Diagnostic Pr´enatal de l’Est Parisien, Hˆ opital Armand Trousseau, APHP, Paris, France [email protected] ; Marie-Christine Jaulent, INSERM UMRS 872, Eq. 20, Paris, France. [email protected] ; Jacques Bouaud, APHP, Paris, France ; INSERM UMRS 872, Eq. 20, Paris, France. [email protected].

8.

[5]

REFERENCES

[1] Aristote. Cat´egories. Seuil, Paris, 2002. Pr´esentation, traduction et commentaires de Fr´ed´erique Ildefonse et Jean Lallot. [2] D. Armstrong. Universals ; An Opinionated Introduction. Westview Press, Boulder, Colorado, 1989. [3] B. Bachimont. Engagement s´emantique et engagement ontologique : conception et r´ealisation d’ontologies en ing´enierie des connaissances. In R. Teulier, J. Charlet, and P. Tchounikine, editors, Ing´enierie des connaissances. L’Harmattan, Paris, avril 2000. Article r´e´edit´e en 2005 dans le c´ed´erom associ´e au livre. [4] B. Bachimont, A. Isaac, and R. Troncy. Semantic Commitment for Designing Ontologies: A Proposal. In A. Gomez-P´erez and V. Benjamins, editors, 13th

[7]

[8]

[9]

[10]

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