ROADSHOW CANCER NOUVELLE-AQUITAINE
Frederic Saltel
Roadshow 2017-2018, le cancer, de la recherche à la prise en charge du patient
Limoges, 12 et 13 décembre 2017
Oncoprot Pourquoi la protéomique en oncologie ? « Le phénotype est dominant sur le génotype » Mina Bissell
Le génome est le même Le protéome évolue
Oncoprot De la cellule au tissu
+ Microdissection laser
Spectrométrie de masse
Oncoprot
Invadosome rosette
Microdissection Laser
Collection
m-Ruby Lifeact (cellules fixées)
1- Cette étude a permis d’identifier que ces invadosomes présentent leur propre machinerie de traduction (Nature comm, en
révision)
Oncoprot
Invadosome rosette
Microdissection Laser
Collection
m-Ruby Lifeact (cellules fixées)
2- Une nouvelle méthode pour analyser le protéome au niveau subcellulaire
Oncoprot
Invadosome rosette
Microdissection Laser
Collection
m-Ruby Lifeact (cellules fixées)
Brevet: Z Ezzoukhry, AA Raymond and F Saltel, July 2015, FR15/01491 Extension Europe et US (2017)
Microdissection au niveau tissulaire
NT
T NT: Non tumoral, T: Tumoral, ← microdissection area
Comparaison entre le NT et le T, ceci au niveau du même patient (même surface de microdissection)
Protéomique tissulaire
Sous-exprimées
Sur-exprimées
-2 ≥ fold change
fold change ≥ 2
GPC3 p-value≤0,05
Nodule displasique de bas grade 1392 protéines identifiées 4 variants 1 surexprimé 3 sous-exprimés
Carcinome Hépatocellulaire 2024 protéines identifiées 452 variants 166 sous-exprimés 286 surexprimés
Accession code P51654 A0A0G2JIW1 A0A087WVQ6 P15104
Protein Name Glypican-3 Heat shock 70 kDa protein Clathrin heavy chain Glutamine synthetase
Number of identified peptides 5 9 24 6
Avantage de la protéomique tissulaire Immunohistochimie
Spectrométrie de masse
Information spatiale
+
-
quantification
-
+++
Nombre de biomarqueur(s) testés
1
2000 to 3000
Quantité de matériel nécessaire
1 coupe/ marqueur
1 coupe/ 2000-3000
Dépendant de l’anticorps et de
+
reproductibilité
la lecture du pathologiste
sensibilité
-
+++
Preuve de concept - Risque hémorragique des UHCA
Ce biomarqueur est maintenant utilisé au CHU de Bordeaux pour le diagnostic des HCA (Henriet et al., Hepatology , 2017)
Nos services De la cellule
Au tissu
À la biopsie 0,5 mm2
5µm
De la recherche académique
9 mm2
A la recherche translationnelle
A l’ application clinique
Nos services - Discovery: recherche de nouveaux biomarqueurs en Oncologie
-> de réponse aux traitements -> de stratification de patients -> de pronostic
Inserm US 005
- Kits diagnostics: design de Kits de diagnostics en oncologie
-> aspect de quantification
- Génération de tests compagnons pour la médecine personnalisée en Oncologie -> rétrospectif aujourd'hui -> prospectif demain dans le cadre d'études ancillaires - Création d’une Banque de donnée protéique en Oncologie -> en complément des banques génomiques existantes
Produit - Mise en place d’un Kit de diagnostique foie - Bénin/malin - métastase - réponse au traitement
Projets en cours
17 projets
14 projets
Cancers :
- rectal - pancréas - mélanome - foie - lymphome - …….
Objectifs
Inserm US 005
Une Idée
Une Plateforme
+
Une START UP
La protéomique à l’HOPITAL au service du patient
Frédéric Saltel :
[email protected] – Principal Investigator at INSERM – Bordeaux Research in Translational Oncology (BARITON laboratory) – Group leader in “Liver cancer and tumoral invasion” team – Co-founder
Anne-Aurélie Raymond : anne-auré
[email protected] – Hospital research engineer – Bordeaux Research in Translational Oncology (BARITON laboratory) – Expertise: Mass spectrometry – Co-founder
