Omixon HLA Twin CE - 2.1.4 Guide de l’utilisateur
Table of Contents 1
INTRODUCTION
5
1.1
GÉNÉRALITÉS
5
1.2
TECHNOLOGIES DE SÉQUENÇAGE
5
1.2.1
CONFIGURATION REQUISE
5
1.3
UTILISATION VISÉE
5
1.4
ALERTES AND PRÉCAUTIONS:
6
1.4.1
RESTRICTION D’EMPLOI DU PRODUIT
6
2
QUELLES SONT LES NOUVEAUTÉS DANS CETTE VERSION ?
7
3
GUIDE DE DÉMARRAGE RAPIDE
8
3.1
SE CONNECTER
8
3.2
TABLEAU DE BORD DU TYPAGE HLA (HLA TYPING DASHBOARD)
8
3.3
ANALYSE
9
3.3.1
TYPAGE HOLOTYPE HLA - RECOMMANDÉ POUR DES ÉCHANTILLONS HOLOTYPE
9
3.3.2
RÉSULTATS
9
3.4
RÉSULTAT D’ANALYSE DE TYPAGE HLA
10
3.5
RÉSULTAT DE TYPAGE HLA (HLA TYPING SAMPLE RESULT)
11
3.6
LE NAVIGATEUR HLA (HLA BROWSER)
13
3.7
TABLEAU DE BORD DES PARAMÉTRAGES (SETTINGS DASHBOARD)
14
3.8
INFORMATION GÉNÉRALE
14
3.9
CONFIGURATION
14
3.10
ADMINISTRATION
14
3.11
EXPORT
15
4
GUIDE D’INSTALLATION
16
4.1
WINDOWS
16
4.1.1
ÉTAPES D’INSTALLATION
16
4.2
LINUX
17
4.2.1
ÉTAPES D’INSTALLATION
17
4.3
MAC OS X
18
4.3.1
ÉTAPES D’INSTALLATION
18
5
SERVEUR OMIXON HLA
19
5.1
INSTALLATION
19
5.2
LAUNCHING THE SERVER
19
5.2.1
LINUX
19
5.2.2
WINDOWS
20
5.3
CONFIGURATION DU SERVEUR
20
5.3.1
MODIFIER LA CONFIGURATION
20
5.4
ACCEPTER DES CONNECTIONS CLIENT
21
5.4.1
CONNECTER LE CLIENT
21
5.4.2
EXPORTER ET IMPORTER UNE CONFIGURATION DE CONNEXION
22
5.5
RÔLE DU SUPER UTILISATEUR (SUPER USER)
23
5.6
GESTION DES DONNÉES
23
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1 Introduction 1.1 Généralités Omixon HLA Twin fonctionne avec deux algorithmes pour le typage HLA en NGS : le génotypage statistique Statistical Genotyping (SG) et le Génotypage Consensus Consensus Genotyping (CS). Ces algorithmes ont été développés avec le kit Omixon Holotype HLA. Les deux algorithmes peuvent fonctionner simultanément et les résultats seront examinés dans un seul et même tableau. En parallèle de ce tableau d’aperçu général, des indicateurs de contrôle qualité sont fournis pour chaque échantillon. La licence d’Omixon HLA Twin est basée sur la durée, ce qui permet d’avoir accès à un nombre illimité de typages pendant la période. Merci de contacter
[email protected] pour obtenir un devis. Une licence valable 90 jours est comprise dans la version d’évaluation.
1.2 Technologies de séquençage Omixon HLA Twin fonctionne avec les données issues des séquenceurs Illumina.
1.2.1 Configuration requise The recommended minimum hardware requirements for the tool are the following: Bureau (Desktop)
Serveur (Server)
Client
64 bit
64 bit
64 bit
multi-cœur
multi-cœur
multi-cœur
Mémoire (minimum /recommandé)
12GB/16GB
12GB/16GB
4GB/8GB
Système d’exploitation
64 bit Windows/Linux ou OS X
64 bit Windows ou Linux
64 bit Windows/Linux ou OS X
Processeur
(OS X non pris en charge) L’espace nécessaire de stockage, dépend de la taille des échantillons, et doit être calculé en fonction des exigences légales en termes de stockage de données, du niveau minimum de sauvegarde et de redondance ainsi que du volume annuel attendu. Omixon peut fournir une assistance dans le calcul de l’espace de stockage requis, merci de contacter
[email protected] si vous avez besoin d’aide.
1.3 Utilisation visée Le logiciel Omixon HLA Twin est destiné à l’interprétation de données NGS (Next Generation Sequencing) générées sur séquenceur Illumina à l’aide d’un kit de séquençage HLA Omixon Holotype. En résulte un typage HLA haute résolution à 4 digits, de niveau allélique, avec un taux d’ambiguïtés très faible. Grâce à deux algorithmes indépendants, le Génotypage Statistique (SG) et le Génotypage Consensus (CG) le logiciel rend des informations d’ histocompatibilité humaine de gènes HLA Classe I (HLA-A, B, et C) et de classe II (HLA-DPA1, DPB1, DQA1, DQB1 et DRB1/3/4/5).
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Les deux algorithmes peuvent être exécutés simultanément et, lorsque c’est le cas, leur concordance est toujours affichée à côté du résultat primaire de génotypage. En plus de ce tableau d’aperçu général, on trouvera des statistiques détaillés ainsi que des indicateurs de contrôles qualité correspondant à chaque échantillon. Le logiciel Omixon HLA Twin est destiné à être utilisé pour le diagnostic in vitro, par des professionnels de la santé tels que des techniciens de laboratoire ou des médecins, formés au typage HLA dans un laboratoire de diagnostic et travaillant dans un laboratoire accrédité EFI ou ASHI (ou ayant la possibilité de travailler selon les spécifications EFI ou ASHI). Les résultats générés par le logiciel ne doivent pas être utilisés comme seule base pour prendre des décisions cliniques.
1.4 Alertes and précautions: 1.4.1 Restriction d’emploi du produit Les algorithmes ont été développés et scrupuleusement validés avec le kit Omixon Holotype HLA. Pour une performance optimale, merci d’utiliser le logiciel avec le kit Omixon Holotype pour le typage HLA en NGS sur illumina Miseq. L’utilisation d’un quelconque autre kit ou d’un autre type de plateforme NGS doit être validée soigneusement vérifié et validé par l’utilisateur!
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2 Quelles sont les nouveautés dans cette version ?
Pour avoir le détail de toutes les versions précédentes, merci de vous référez à l’historique des versions, que vous retrouvez dans le manuel d’utilisateur Omixon!
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3 Guide de démarrage rapide 3.1 Se connecter Après avoir démarré l’exécution du logiciel HLA, l’utilisateur doit s’enregistrer (se «logger»). Entrez l’identifiant (username) et le mot de passe (password) dans les champs appropriés et cliquer sur «login». Au moment du premier enregistrement un «super-utilisateur» (superuser) est créé.
3.2 Tableau de bord du typage HLA (HLA Typing dashboard) Après vous être loggé au logiciel le tableau de bord HLA (HLA Typing dashboard ) s’affiche. Il s’agit de la page d’ accueil du programme. Toutes les fonctions de typage HLA sont accessibles depuis cette page. Le tableau de bord se compose des sous-écrans suivants: Panneau information: vous y trouverez toutes les principales fonctions et quelques informations générales sur le dossier en cours et les fichiers sélectionnés. Il donne aussi des éléments sur l’utilisateur et sur la base de données IMGT active et offre quelques fonctions de navigation. Explorateur de fichier (File Browser): cette partie de l’écran peut être utilisée pour naviguer entre tous les fichiers accessibles. Le panneau d’information est situé en haut de l’écran. Il a trois sections différentes. La partie supérieure de ce panneau affiche: L’identifiant (ID) de l’utilisateur, Le widget d’affichage de l’utilisation de la mémoire, Le panneau du statut du gestionnaire de processus, Le bouton du tutoriel de bienvenue Le bouton de déconnexion (logout) Le bouton de fermeture (exit) La partie centrale du panneau d’information comprend: Des boutons de navigation: Retour (back), Suivant (forward), haut (up), et accueil (home). Le bouton «home» vous ramène au tableau de bord de typage HLA ( HLA Typing dashboard) À droite des boutons de navigation vous trouverez des informations concernant la base de données IMGT /HLA utilisée Sur le côté droit de l’écran vous pourrez voir le signet et des boutons d’aide contextuelle. La partie inférieure du panneau d’information présente une série de boutons qui vous permettent de choisir entre les principales fonctions de ce tableau de bord. Options de typage et d’analyse de données pour faire le typage HLA Options de typage et d’analyse de données pour visualiser les résultats Fonctions d’explorateur de fichiers (File browser) pour naviguer entre les échantillons et les dossiers Paramètres de l’application L’explorateur de fichiers ou «file Browser» occupe la partie principale de l’écran, il sert à naviguer en cliquant sur les lecteurs ou sur les noms de dossier - comme n’importe quel explorateur de fichier. Utilisez l’explorateur pour accéder au dossier où sont stockés vos échantillons de génotypage. Quand vous ouvrirez le dossier dans lequel sont classées vos données à partir de l’explorateur de fichiers Guide de l’utilisateur
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Quand vous ouvrirez le dossier dans lequel sont classées vos données à partir de l’explorateur de fichiers vous accèderez au fichier de vos échantillons. Chaque échantillon est signalé par un petit icône en forme d’ADN et son nom, qui est unique, est généré par la feuille d’échantillon. Pour les «paired reads» le logiciel couple automatiquement des fichiers en se basant sur les noms des fichiers et seuls les fichiers FASTQ «R1» s’affichent dans le navigateur de fichiers pour réduire la redondance et aider à la navigation. En passant le curseur sur l’échantillon vous pourrez observer la taille du fichier FASTQ Lorsque l’échantillon a été analysé, un autre fichier, contenant les résultats de typage HLA est généré et s’ affiche dans l’explorateur. Le fichier de résultats se caractérise par une extension en .htr. Par défaut, tous les fichiers de résultats sont placés automatiquement dans le même dossier que les données brutes. Les fichiers d’analyse sont signalés par une icône en forme de tableau. La dénomination du fichier d’ analyse se compose du nom de l’analyse et d’un horodatage correspondant au moment où l’analyse a été exécutée. En passant le curseur au-dessus de l’analyse, vous pourrez visualiser toutes les informations concernant cette analyse. Quand vous examinez un fichier .htr, tout à fait à droite, vous pouvez observer le résumé général de la qualité des résultats du typage HLA. Les Résultats sont symbolisés par un code couleur rappelant un feu tricolore. Il y a donc trois couleurs, avec des significations différentes, mais à la différence des feux tricolores il y a également des combinaisons de deux couleurs. Les fonctions de typage HLA sont désactivées- les boutons sont alors grisés – tant qu’aucun échantillon n’est affiché à l’écran. Dès que vous y placez un fichier FASTQ (ou tout autre format de fichier pris en compte par le logiciel) d’autres boutons sont activés. Pour effectuer une analyse suivez les instructions du paragraphe consacré à l’analyse Vous trouverez des informations détaillées concernant cette étape et toutes les fonctions disponibles, dans le manuel de l’utilisateur dans le paragraphe consacré au tableau de bord du typage HLA.
3.3 Analyse Quand au moins un échantillon est téléchargé, de multiples fonctions sont accessibles.
3.3.1 Typage Holotype HLA - recommandé pour des échantillons Holotype Le typage HLA avec les paramètres par défaut peut être initié par un simple clic sur bouton "Analyse" qui s’affiche au bout de la ligne de chaque échantillon. Pour effectuer un typage multiple, cliquez sur les échantillons concernés en pressant la touche Ctrl ou Shift pour les sélectionner puis commencez le typage avec le protocole Holotype en cliquant sur le bouton "Holotype HLA Typing – Le premier dans le menu du haut. Vérifiez que le typage est en cours en regardant le gestionnaire de processus qui se trouve dans le coin supérieur à droite. Vous trouverez des informations détaillées concernant cette étape et toutes les fonctions liées, dans le manuel de l’ utilisateur dans le paragraphe consacré au tableau de bord du typage HLA.
3.3.2 Résultats Lorsque la progression atteint les 100% un nouveau fichier de résultat va apparaître dans l’explorateur de fichiers. S’il s’agit d’un typage multiple, un résultat par échantillon apparaîtra dès qu’il sera prêt. – Vous pourrez commencer à visualiser les résultats qui s’affichent même si les autres ne sont pas encore prêts. Le code couleur qu’affiche le fichier de résultats donne un bref aperçu de celui-ci et vous pouvez visualiser plus de détails en cliquant sur le bouton "View" présent au bout de chaque ligne. Pour afficher des résultats multiples cliquez sur les résultats concernés en pressant la touche Ctrl ou Shift pour les sélectionner puis cliquez sur le bouton "View results" du menu du haut. Vous trouverez des informations détaillées concernant l’interprétation des résultats dans le manuel de l’utilisateur dans le paragraphe consacré au résultat d’analyse de typage HLA.
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3.4 Résultat d’analyse de typage HLA Comme nous l’avons décrit plus haut vous pouvez visualiser vos résultats en sélectionnant un ou plusieurs échantillons et en cliquant sur le bouton "View results". Cela vous redirigera vers l’écran suivant d’HLA Twin: les résultats d’analyse de typage HLA (HLA Typing analysis results). La partie «résultat d’analyse de typage HLA» peut être divisé en deux grandes sous parties : Le panneau information – pour info la structure de ce panneau est en grande partie identique au panneau d’information du tableau de bord du typage HLA (voir les détails plus haut) Le tableau des résultats qui comprend le tableau de synthèse contenant les résultats des échantillons sélectionnés précédemment. La partie inférieure du panneau information contient une série de boutons qui vous permettent de choisir entre les principales fonctions de ce tableau de bord. Détails des échantillons (Sample details) et consultation des alignements (browse alignment) Boutons d’affichage des paramètres Boutons d’assignation Tableau d’export D’autres options pour commenter les échantillons/ approuver les échantillons/annuler l’approbation d’un échantillon/ afficher les déséquilibres de liaison Dans le tableau des résultats de la section «HLA Typing analysis results», vous trouverez un aperçu général de vos résultats pour chaque locus de chaque échantillon. Le tableau contient les colonnes suivantes : Approbation (Approval) Indique si l’échantillon est approuvé, prêt à être approuvé ou s’il faut continuer à travailler dessus Echantillon (Sample) Contient les noms des fichiers .htr générés à partir du nom des échantillons et de l’horodatage indiquant le moment où l’analyse a été éxecutée. Si un échantillon a été analysé plusieurs fois, les résultats sont affichés dans l’ordre dans lequel ils ont été analysés. Vous pouvez utiliser l’horodatage pour vérifier l’heure à laquelle ils ont été analysés. Allèle(Allele) Donne les deux allèles, Allèle 1 et Allèle 2 dans différentes lignes Des colonnes séparées pour les loci analysés Tout à fait à gauche du résultat vous observerez une «coche» qui indique s’il s’agit du «best match» ou meilleure correspondance. Vous pouvez assigner ce résultat tout simplement en cliquant sur la coche – celle-ci devient alors verte, ce qui indique que le résultat est assigné. À côté de la coche vous trouverez les codes couleur. Code couleur pour la concordance: (Vert): es résultats des algorithmes SG et CG sont parfaitement concordants (au 3ème champ), (Jaune) : les résultats des algorithmes SG et CG sont concordants jusqu’à 4 digits (2ème champ), (Rouge/jaune) : les résultats des algorithmes SG et CG sont concordants jusqu’à 2 digits (1er champ), (Rouge) : les résultats des algorithmes SG et CG sont discordants. Pour info: les codes couleur sont présents uniquement pour les allèles «best match». Guide de l’utilisateur
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Pour info: les codes couleur sont présents uniquement pour les allèles «best match». Le second rond de couleur représente les indicateurs de contrôles qualité (QC). Code couleur du contrôle qualité: Ces couleurs sont basées sur les indicateurs de contrôle qualité au niveau des loci. (Vert) – RÉUSSI : le locus a réussi tous les tests de contrôle qualité (QC), (Jaune/vert) – INFO : au moins un test de QC a donné un résultat inférieur à la moyenne, (Jaune) – INSPECTION : au moins un test de QC a donné un résultat préoccupant, une vérification manuelle est requise, (Rouge/jaune) –INVESTIGATION : Un ou plusieurs tests QC ont eu des résultats faibles, une vérification manuelle et peut-être une ré-analyse sont nécessaires (Rouge) – ÉCHEC : au moins un test de QC a donné un résultat très faible, une vérification manuelle est nécessaire pour déterminer la cause et l’échantillon ou le locus doit probablement être re-séquencé ou retypé avec des techniques alternatives. D’autres symboles peuvent également apparaitre pour des allèles: Les allèles affichés dans une police bleue sont homozygotes. Les allèles rares sont signalés par un icône de point d
xclamation.
Les nouveaux allèles comprenant des nouveautés exoniques (ou exoniques et introniques) sont signalés par le symbole , , alors que les allèles nouveaux comprenant uniquement des nouveautés introniques sont marqués par le symbole . Les désequilibres allèliques (imbalanced Allèle) s’affichent dans une police en italique. ALes allèles avec une séquence de l’allèle étendue sont signalés par le signe
.
ISi un allèle mineur de la "imbalancedminorallelelist", connu pour sa faible amplification, est présent, celuici sera alors symbolisé par un . IDans ce cas, il est fortement recommandé d’effectuer une validation des résultats homozygotes en utilisant une méthode de typage alternative (par ex. SSO). Les allèles hémizygotes sont signalés par un . Dans ce cas un seul allèle s’affiche, l’autre cellule est vide. Si le typage d’un locus ne peut pas être déterminé à partir des données connues, les allèles apparaîtront avec le symbole . En passant le curseur au-dessus des différentes sections du tableau une fenêtre contextuelle contenant d’autres informations s’affichera. Quand vous êtes dans le tableau de bord de typage HLA, vous pouvez accéder à l’écran des résultats de typage HLA ou à celui du navigateur de génome directement. Lorsque vous êtes sur l’écran de résultats de typage HLA, vous pouvez observer le détail des indicateurs de contrôle qualité de l’échantillon analysé. Pour y accéder surlignez l’échantillon que vous souhaitez examiner et cliquez sur le bouton "Sample Details" sur la rangée inférieure du menu du haut. Dans l’explorateur de génome (Genome Browser) vous pouvez visualiser le détail des résultats pour chacun des loci typés. Pour accéder à cet écran, surlignez l’échantillon que vous souhaitez examiner et cliquez sur le bouton "Browse Alignment" dans la dernière rangée de la partie supérieure. Pour plus de détail, rapportez-vous au paragraphe des résultats d’analyses des typages HLA du guide Omixon.
3.5 Résultat de typage HLA (HLA Typing Sample result) Dans la partie consacrée au résultat du typage HLA de l’échantillon, vous pouvez consulter les détails du résultat de génotypage, des indicateurs qualité et des données statistique de chaque locus de l’échantillon sélectionné. Cette section se décompose en deux grandes parties:
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Le panneau information – pour info, la structure de ce panneau est en grande partie identique au panneau d’information du tableau de bord du typage HLA (voir les détails plus haut) Le panneau des détails, qui affiche les résultats de génotypage, les indicateurs qualité et les données statistiques. Dans la partie inférieure du panneau information vous trouverez une série de boutons vous permettant de choisir parmi les fonctions principales de ce tableau de bord. Ouverture du navigateur Information détaillée sur le génotypage Personnalisation de l’affichage des résultats Assignation des allèles Commentaire Dans le panneau des détails, vous pouvez choisir entre 3 différents onglets pour sélectionner ce que vous voulez afficher: Génotype Dans cette section vous pouvez voir le génotype qui est sélectionné par le logiciel. Vous pouvez ajouter/supprimer des allèles manuellement Contrôle Qualité Plusieurs indicateurs qualité sont déterminés pour chaque locus. Chaque indicateur de chaque locus est symbolisé par une couleur selon sa valeur. Le tableau de contrôle qualité a une colonne pour tous les indicateurs et une colonne par locus affiché. La rangée "Overall" indique le résultat général par locus basé sur le système de code couleurs. Chaque indicateur a sa propre rangée dans le tableau. À droite du nom de l’indicateur s’affiche un petit «i». En passant le curseur au-dessus du «i», une fenêtre contextuelle apparaît, contenant une description plus détaillée de l’indicateur sélectionné. Chaque mesure qualité affiche un indicateur dans le code couleur, une valeur, et un petit «i» grâce auquel on obtient les seuils spécifiques à cet indicateur. En passant le curseur au-dessus du «i», une fenêtre contextuelle apparaît, affichant les seuils de l’indicateur sélectionné. Statistiques Partie Vue Générale (Overview) - Donne le nombre et la proportion de «reads» disponible pour les différentes étapes de l’analyse. Partie Déséquilibre Allélique (Allele imbalance)- Cette figure décrit le déséquilibre allélique de tous les gènes par région. Partie Taille de Fragment (Fragment size) - cet histogramme donne la distribution de la taille des fragments des reads couplés. Partie Qualité de Read (Read quality) - Ce graphique visualise la qualité des bases par 5 unités, des reads traités. La position des reads figurent en X et les valeurs de qualité se trouvent sur l’axe Y. Différents loci peuvent être sélectionnés sur la gauche dans la section inférieure. Après avoir sélectionné le locus ou les loci vous pouvez accéder au navigateur de génome ( genome browser) en cliquant sur les boutons "Browse Alignment", "Browse Allele 1", "Browse Allele 2. Pour plus d’information merci de vous reporter au paragraphe sur les résultats de typage HLA du guide Omixon
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3.6 Le navigateur HLA (HLA Browser) Le navigateur HLA permet une inspection visuelle de données génomiques. Plusieurs allèles candidats peuvent être visualisés simultanément. Avec les paramètres par défaut les plages de lecture (tracks) sont disponibles dans le navigateur: La plage de lecture de la position – donne les coordonnées de toutes les plages visibles dans le navigateur. La numération commence à un. Le groupe de plages de phase : Plage de phase – Cette plage de lecture contient des annotations pour les régions à phase continue (région à phase aka) Plage des variantes – donne le nombre de paires de reads qui se chevauchent sur deux positions hétérozygotes consécutives (c.-à-d. deux positions où les deux séquences consensus diffèrent l’une de l’autre) – L’étiquette rectiligne donne le nombre de reads qui, dans chaque consensus, confirme la phase qui s’affiche dans le navigateur, tandis que l’étiquette en forme de croix affiche le nombre de reads confirmants l’autre phase possible des deux positions. Séquence consensus 1 – La séquence consensus générée de l’un des chromosomes. Profondeur de couverture pour le consensus 1 – Visualise la profondeur de couverture de chaque position de la séquence consensus 1. Séquence consensus 2 – La séquence consensus générée de l’autre chromosome. Profondeur de couverture pour le consensus 2 – Visualise la profondeur de couverture de chaque position de la séquence consensus 2. Séquence allèle 1 – Séquence nucléotide de l’allèle qui correspond le mieux au premier consensus. Annotation de région pour l’allèle 1 – Affiche les Annotations sur les exons, les introns et les UTR de l’allèle 1 Plage de lecture de la profondeur de couverture pour l’allèle 1 – visualise la profondeur de couverture pour toutes les positions de l’alignement de l’allèle 1 Séquence allèle 2 – Séquence nucléotide de l’allèle qui correspond le mieux au second consensus. Annotation de région pour l’allèle 2 – Affiche les Annotations sur les exons, les introns et les UTR de l’allèle 2 Plage de lecture de la profondeur de couverture pour l’allèle 2 – visualise la profondeur de couverture pour toutes les positions de l’alignement de l’allèle 2 Pour les nouveaux allèles, deux plages de lecture de référence s’affichent: La séquence référence du nouvel allèle (novel ref) et la séquence référence de l’allèle le plus proche (Rel ref) à partir duquel a été dérivé le nouvel allèle. Remarque: Les séquences consensus et les short reads correspondants peuvent être visualisées dans le navigateur même lorsqu’aucune correspondance par paire d’allèle n’ont pu être mis en évidence. Plages de lecture additionnelles : Plage de lecture du bruit de fond (noise) - Visualise le bruit de fond systématique filtré pendant le l’ assemblage de la séquence consensus. Le consensus de bruit de forme contient le principal nucléotide de toutes les positions. Plage de lecture des Acides aminés – Affiche la séquence des acides aminés de tous les allèles, des sequence consensus y compris les nouveaux allèles. Par défaut, des plages de lecture détaillées de la couverture des alignements d’allèle s’affichent en parallèle des annotations de région. En complément, ces plages incorporent une représentation visuelle des statistiques de base: les bases de read qui diffèrent de la base consensus/de référence affichent la couleur de la base du nucléotide correspondant dans l’affichage de profondeur de couverture. Guide de l’utilisateur
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Autres modes possibles pour les plages de lecture short reads Les modes suivants de visualisation des shorts reads, sont des alternatives au mode par défaut de profondeur de couverture: Le mode short read – visualise les short-reads en brins, ce qui permet de distinguer facilement les brins «forward» (roses) des brins «reverse» (jaunes). Mode fragment – représentation en paire des reads «forward» et «reverse» sur la même ligne. Les sections où les paires de reads de chevauchent sont colorés en bleu, tandis que les endroits où il n’y a pas de chevauchement sont reliés par une fine ligne. Dans les deux modes décrits ci-dessus, les plages de lecture des short reads peuvent être réduites ( collapsed) ce qui permet une vue d’ensemble des short reads (dans ce cas, on ne pourra pas visualiser chaque read pour consulter le détail).
3.7 Tableau de bord des paramétrages (Settings Dashboard) En utilisant le bouton des réglages de l’application, accessible à partir du tableau de bord de typage HLA ( HLA Typing dashboard ) vous accédez au tableau de bord des paramètres. Celui-ci affiche un aperçu des paramètres de l’outil, et donne accès aux fonctions d’administration, aux paramètres d’affichage et comporte aussi quelques fonctions de «log export ». On y trouvera également des informations générales sur la version du logiciel et l’ utilisateur.
3.8 Information générale Il y a trois blocs d’informations dans le tableau de bord des paramètres: Omixon HLA Edition : cette partie donne la version du logiciel utilisée, l‘identifiant du fabricant et quelques contacts et informations de copyright. User info : cette partie contient le nom de connexion (login) et le nom et le prénom de l’utilisateur, des informations sur la licence tel que la date d’expiration de celle-ci.
3.9 Configuration Cette fonction vous permet de gérer les protocoles, changer les configurations de l’affichage du navigateur HLA et des fenêtres de résultats. Remarque: ces changements modifieront le comportement par défaut du logiciel et son apparence. Pour plus de détails sur les protocoles voire les pages d’aide sur les protocoles. Si vous souhaitez seulement faire des modifications temporaires, utilisez les options de réglage d’affichage (display settings)sur l’ écran du navigateur. Vous pouvez aussi modifier les filtres par défaut des fenêtres de résultats HLA. Sachez que si vous désélectionnez un locus dans cet assistant, les résultats de ce locus ne s’afficheront, plus quel que soit les résultats de typage. Pour les deux sets de configuration, vous pouvez réinitialiser tous les paramètres en utilisant la fonction de restauration des paramètres par défaut (Restore defaults). Pour plus de détails concernant ces paramètres, voire les pages d’aides suivantes: Configuration de l’affichage des résultats HLA et réglages du navigateur de génome (Genome Browser).
3.10 Administration Ce set de fonctions comprend des options rarement utilisées mais très utiles. Avec la fonction d’installation de la base de données HLA, vous pouvez télécharger une ou plusieurs versions de la base de données IMGT/HLA utilisée pour le typage HLA. Dans la fonction sélection de la base de données active, vous pouvez spécifier la base de données active. Le typage HLA sera toujours effectué avec la base de données active. Si vous souhaitez supprimer une base de données installée, vous pouvez utiliser la fonction de retrait de base de données HLA ( Remove HLA database ) cette fonction permet de supprimer toute base de données installée non sélectionnée comme active. Avec la fonction de configuration des gènes HLA ciblés vous pouvez sélectionner les loci à
séquencer. L’option de gestion des utilisateurs (User management)permet de créer, modifier et supprimer des Guide de l’utilisateur
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séquencer. L’option de gestion des utilisateurs (User management)permet de créer, modifier et supprimer des utilisateurs. L’option d’affichage de la clé disque dur (Display hardware key), vous sert à afficher l’identifiant alphanumérique de votre ordinateur qui s’utilise pour générer une licence spécifique à celui-ci. L’option de téléchargement de licence (Upload license) sert à importer manuellement un fichier de licence.
3.11 Export Cette fonction permet d’exporter les fichiers log du logiciel HLA Omixon.
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4 Guide d’installation Notre logiciel peut être installé sur les systèmes d’exploitation suivants: Windows Linux Mac OS X
4.1 Windows Nous fournissons un pack d’installation pour les systèmes d’exploitation Windows groupé avec Java Runtime Environment (JRE). Nous avons testé le logiciel Omixon HLA avec Windows 7 Windows 8/8.1 et Windows 10.
4.1.1 Étapes d’installation Lancer le fichier exécutable – la boîte de dialogue de bienvenue de l’assistant d’installation apparaît. Si vous avez déjà installé HLA Twin sélectionnez l’option « Yes, update the existing installation » (« Oui, mettre à jour l’installation existante »). Pour effectuer une installation complète, choisissez l’option « No, install to a different directory » (« Non, installer dans un répertoire différent »). Après cette étape cliquez sur «next» (suivant) Acceptez la licence pour continuer l’installation, cliquez sur «next» Sélectionner le chemin où vous désirez installer l’application, cliquez sur «next». Sélectionner le répertoire de données où les fichiers de données permanentes seront sauvegardés. Dans le cas d’une mise à jour, merci de ne pas changer le chemin proposé – il devrait pointer vers le dossier de base de données utilisé précédemment. Après avoir choisi le répertoire de données, cliquez sur «next» Sélectionnez le répertoire des fichiers temporaires, cliquez sur «next» Sélectionner le dossier de menu démarrer Si vous souhaitez créer un nouveau dossier de menu démarrer, cochez «Create Start Menu folder» et nommez le dossier Si vous désirez que le dossier soit visible pour tous le utilisateurs, cochez la case "Create shortcuts for all users" Cliquez sur«next», l’installation démarre Quand elle est terminée, la boîte de dialogue «Completing the Omixon HLA Twin Setup» («L’installation d’ Omixon HLA Twin en cours») indique son succès L’application peut être lancée en cliquant sur cette icône de démarrage ou en lançant le fichier exécutable dans le répertoire de l’application. Pour des informations plus détaillées et pour avoir les étapes de la désinstallation, merci de vous rapporter au guide de l’utilisateur Omixon.
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4.2 Linux Nous fournissons un pack d’installation pour les systèmes d’exploitation Linux, groupé avec Java Runtime Environment (JRE): Les packs d’installation sont des fichiers uniques de script shell conviennent sur de nombreuses distributions Linux. L’installateur téléchargé n’est pas autorisé à s’exécuter automatiquement. Ouvrez une fenêtre du terminal pour le rendre exécutable avec la commande suivante: Version «Desktop» (Bureau):
chmod +x installer_name Après quoi il peut être démarré avec la commande suivante:
./installer_name
4.2.1 Étapes d’installation Lancer le shell script du programme d’installation. Après avoir lancé l’installateur, la boîte de dialogue de bienvenue de l’assistant d’installation apparaît. Pour la mise à jour d’une version précédemment installée d’Omixon HLA Twin et pour préserver vos résultats, sélectionnez l’option « Yes, update the existing installation » (« Oui, mettre à jour l’ installation existante »). Pour effectuer une installation complète, choisissez l’option « No, install to a different directory » (« Non, installer dans un répertoire différent »). Après avoir fait votre choix cliquez sur «next» Acceptez le contrat de licence pour procéder à l’installation, cliquez sur «next» Sélectionner le chemin où vous désirez installer l’application. Sélectionner le répertoire de données où les fichiers de données permanentes seront sauvegardés Dans le cas d’une mise à jour, merci de ne pas changer le chemin proposé – il devrait pointer vers le dossier de base de données utilisé précédemment. Après avoir choisi le dossier, cliquez sur «next» Sélectionner le répertoire de fichiers temporaires Saisissez l’emplacement du lien symbolique (symlink), cliquez sur «next»- le processus d’installation démarre. Quand il est terminé, la boîte de dialogue «Completing the Omixon HLA Twin Setup» («L’installation d’ Omixon HLA Twin en cours») indique son succès. Une icône d’application figure dans le menu système. En cliquant sur cette icône, l’application démarre et est prête à l’emploi. Pour des informations plus détaillées et pour avoir les étapes de la désinstallation, merci de vous rapporter au guide de l’utilisateur Omixon.
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4.3 Mac OS X Étant donné que MAC OS X est un système d’exploitation qui est disponible exclusivement en version 64-bit et que l’environnement d’exécution Java est mis à jour régulièrement, l’installateur ne contient pas d’ environnement d’exécution Java (JRE). Cela évite tout conflit entre les différentes versions de JRE mais éventuellement peut mener à des problèmes d’ incompatibilité. La version de JRE requise est : 1.8 Si l’environnement Java n’est pas installé sur votre Mac, il sera téléchargé automatiquement au cours de l’ installation.
4.3.1 Étapes d’installation Ouvrir l’installateur qui se trouve dans l’archive«.dmg». Cliquer sur l’icône « Omixon HLA Twin Installer. app ». Pour la mise à jour d’une version précédemment installée d’Omixon HLA Twin et pour préserver vos résultats, sélectionnez l’option « Yes, update the existing installation » (« Oui, mettre à jour l’ installation existante »). Pour effectuer une nouvelle installation, merci de choisir l’option « No, install to a different directory » (« Non, installer dans un répertoire différent »). Après avoir effectué votre choix cliquez sur «next» Acceptez la licence pour procéder à l’installation, cliquez sur next Merci d’utiliser le chemin fourni par défaut pour installer l’application. Merci d’utiliser le chemin par défaut pour le répertoire de données où les données permanentes (par. ex. les résultats) seront sauvegardées. Sélectionner le répertoire de fichiers temporaires, Après avoir cliqué sur le bouton « Next » (« Suivant »), le processus d’installation démarre. Quand l’installation est terminée, la boîte de dialogue « Completing the Omixon HLA Twin Setup » («Installation d’Omixon HLA Twin en cours») indique le succès de l’installation.
Omixon HLA Twin est maintenant disponible dans la liste des Applications. En cliquant sur l’icône « OmixonHLATwin.app », l’application sera lancée et elle sera prête à l’emploi. Pour des informations plus détaillées et pour avoir les étapes de la désinstallation, merci de vous rapportez-vous au guide de l’utilisateur Omixon.
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5 Serveur Omixon HLA La version «serveur» d’Omixon HLA Twin accepte les connections de «clients» multiples. Il permet de réaliser un travail en collaboration et de partager les résultats d’analyses entre utilisateurs. Cette version serveur/client propose une possibilité de lancement d’automatisé des typages qui permet de réaliser un typage des échantillons automatiquement au fur et à mesure qu’ils sont produits. Les détails du protocole, la fréquence de traitement, l’identification d’échantillon et d’autres paramètres variés doivent être définis avant que le service puisse être mis en œuvre – pour demander une assistance, merci de contacter
[email protected].
5.1 Installation Omixon fournit deux installateurs distincts pour la version serveur : L’installateur «Serveur» – comprenant le serveur et un client unique L’installateur «Client» – lot comprenant un client et une version. «desktop» (bureau) L’installateur «serveur» comprend aussi un client, ainsi, il n’est pas nécessaire d’installer un client séparé sur le poste serveur. Pour lancer l’installateur «serveur», il est nécessaire d’avoir des droits d’administrateur. L’installateur «serveur» peut également être lancé depuis la ligne de commande, si aucun écran n’est connecté directement (pour avoir plus de détails, merci de contacter
[email protected]). L’installateur client ne nécessite pas d’avoir des droits d’administrateur de système. Les étapes de l’assistant d’installation «serveur» et «client» sont les mêmes que celles de la version «bureau». Pour tous les deux, merci de suivre le Guide d’installation de la version «bureau» de votre système d’exploitation, compris dans les sections précédentes de ce manuel. Merci de quitter tout autre logiciel Omixon avant de lancer l’installation du serveur. Vous pouvez copier et utiliser l’installateur «client» sur multiples ordinateurs. Si une version «bureau» d’Omixon HLA Twin, est déjà installée, merci de vous assurer de sélectionner un emplacement différent pour l’installation «client» afin ne pas écraser l’installation existante.
5.2 Launching The Server Remarque importante Le serveur démarre automatiquement après l’installation. Quand il est déjà installé, le serveur se lance automatiquement lorsqu’on allume l’ordinateur. Le serveur doit être configuré avant que le premier client ne lui soit connecté. Les nouveaux paramètres sont appliqués à partir du démarrage/redémarrage du serveur lorsque la configuration a été sauvegardée.
5.2.1 Linux Allez dans le répertoire d’installation et lancez le serveur daemon depuis la ligne de commande, disposant de l’un des arguments d’entrée suivants. Si aucun argument n’est entré quand le serveur est lancé, une liste des arguments s’affiche.
Usage omixon hla server executable {start|stop|status|restart|force-reload}
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start
stop
status
restart ou force-reload
Démarre le serveur s’il est arrêté.
Éteint le serveur s’il est en cours d’exécution.
Affiche le statut de fonctionnement.
Redémarre le serveur ou le démarre s’il n’est pas encore lancé.
Le démarrage automatique n’est pas paramétré par défaut pour le Serveur Omixon HLA Twin. Pour paramétrer le démarrage automatique et préciser le niveau d’exécution pour le démarrage du service, utiliser un utilitaire de configuration des services comme chkconfig ou update-rc.d.
5.2.2 Windows Pour démarrer, arrêter et pour paramétrer le type de démarrage d’Omixon HLA Twin, lancer ‘Control panel → Administrative tools → Services ‘ (‘Panneau de configuration → Outils d’administration → Services’ et modifier les propriétés de service « Omixon HLA Twin Server ». Par défaut, le type de démarrage est paramétré comme automatique et le service est exécuté sous le compte de l’utilisateur Système.
5.3 Configuration du serveur Pour démarrer avec les paramètres par défaut et connecter un client au serveur il suffit de fournir l’adresse IP du serveur au client. Pour se faire, il suffit de démarrer le client et de cliquer sur le bouton «switch server» (changer de serveur) en bas de la boîte de dialogue. Cliquez sur «Add New Server» (ajouter un nouveau serveur) et saisissez l’adresse IP dans le champ «Server Host» (serveur hôte). Cliquez sur «Add» (ajouter) pour finir la modification de la connexion et sur «connect» sur la carte du serveur pour la relier au client. Cas où une configuration avancée est nécessaire: Une autre session de serveur Omixon est installée sur le même poste serveur (par ex une version antérieure) dans ce cas les ports par défaut doivent être modifiés pour éviter les conflits. Sous certaines distributions Linux, l’adresse IP ne peut pas être détectée automatiquement, dans ce cas l’ adresse IP et les ports doivent être configurés manuellement comme décrit ci-dessous.
5.3.1 Modifier la configuration en accédant au fichier de configuration après que l’installation soit terminée. Le fichier de configuration se trouve dans le répertoire d’installation, il a une extension "vmoptions". Du fait que le service d’automatisation ainsi que le pack «client» aient la même extension, il faut s’assurer que le fichier de configuration du serveur soit personnalisé. La configuration du nom du fichier est la suivante:"omixon-hla-(modification)-server.vmoption". Les modifications prennent effet après le redémarrage du serveur.
IMPORTANT La dernière ligne du fichier vmoptions doit être suivie d’un retour à la ligne.
Mettre en place communication hôte/port Parfois il est nécessaire de paramétrer l’hôte et le port. Les paramètres par défaut sont:
-Domixon.server.host=localhost -Domixon.server.port=4380
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Hôte
Modifier la valeur « localhost » à -Domixon.server.host. Ajouter le nom d’hôte (p. ex.:twin-server) ou le nom de domaine complet (p. ex. twin-server.mycompany.com) ou l’adresse IP de la machine où le serveur est lancé.
IMPORTANT Dans les configurations de connexion client, le « Server host » (« Hôte serveur ») doit avoir exactement la même valeur que « -Domixon.server.host » dans la configuration serveur. S’assurer que le nom d’hôte du serveur traduit la même adresse IP sur les machines «serveur» que sur les PC «client» car, dans le cas contraire, les clients recevront un message d’erreur et la connexion sera refusée. Les problèmes de configuration dus à un nom d’hôte qui ne traduit pas la même adresse IP sur le serveur (p. ex. 127.0.0.1 par une interface de réseau interne) sont courants et provoquent des refus de connexion. Il est toujours plus sûr pour le serveur comme pour les clients, de saisir une adresse IP exacte, accessible par toutes les machines reliées par le réseau. Port
Il est recommandé de laisser les paramétrages par défaut pour -Domixon.server.port mais si des modifications sont nécessaires (voir comment procéder ci-dessus)- ils peuvent être modifiés pour 2 ports disponibles. Le port configuré et le suivant seront utilisés pour la communication entre le serveur et le(s) client(s).
IMPORTANT Vérifier que le port sélectionné et le suivant sont tous les deux disponibles sur les PC «serveur» et «client».
5.4 Accepter des connections client Après avoir paramétré et démarré le serveur, celui-ci accepte des demandes de connexion des clients.
5.4.1 Connecter le client Lancer l’application client. Sur l’écran « Server Manager » (« Gestionnaire de serveur ») sélectionner « Add New Server » (« Ajouter un nouveau serveur ») pour configurer la connexion client-serveur.
Nommer la connexion et saisissez exactement pour l’hôte et le port les mêmes coordonnées que celles entrées sur le serveur Guide de l’utilisateur
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Sélectionner la connexion serveur et connectez-vous.
IMPORTANT Vérifier les paramètres pare-feu de l’ordinateur serveur. Paramétrer le pare feu de façon à permettre au Serveur Omixon HLA Twin d’accepter les connexions entrantes.
5.4.2 Exporter et importer une configuration de connexion Au lieu de configurer la connexion d’une façon manuelle, les utilisateurs peuvent choisir d’importer un fichier de configuration en cliquant sur le bouton « Import configuration » dans l‘encadré « Add New Server » («Ajouter un nouveau serveur») de la boîte de dialogue «Server Manager» («Gestionnaire de serveur»). Le fichier est fourni par l’administrateur système qui devrait exporter les paramètres de connexion dans un fichier en cliquant sur «Export» sur la connexion sélectionnée dans «Server Manager» («Gestionnaire de serveur»).
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5.5 Rôle du super utilisateur (Super User) Le tout premier utilisateur qui s’enregistre deviendra par défaut un «super utilisateur». Cela ne peut pas être modifié mais d’autres utilisateurs peuvent aussi bénéficier de droits super utilisateur. Il est recommandé d’effectuer l’enregistrement de l’administrateur système en premier pour compléter l’ installation d’Omixon HLA Twin. Le super utilisateur a le droit de créer et de gérer d’autres comptes d’utilisateur qui peuvent être utilisés pour se connecter par les clients. Merci de consulter le chapitre Gestion des utilisateurs de ce manuel pour avoir plus d’informations sur les rôles et droits d’utilisateur.
5.6 Gestion des données Toutes les analyses sont effectuées par l’application serveur et les résultats sont enregistrés dans le serveur. Les résultats peuvent être consultés et exportés par le client. La navigation dans un système de fichiers signifie que les données ne doivent pas être transférées par le réseau entre le client et le serveur ; dans ce cas-là, la tâche est démarrée immédiatement.
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