Septembre 2010 Compte-rendu final 0010 38 045 Département Techniques d’élevage et Qualité Service Bien-Etre, Santé, traçabilité et Hygiène Béatrice Mounaix

collection résultats

Impact de la FCO sur le nombre des naissances des veaux en élevage allaitant

Octobre 2010 Compte-rendu n°00 10 38 045 Département Techniques d’Elevage et Qualité Service Bien-être, santé, Traçabilité et Hygiène Béatrice Mounaix

Impact de la FCO sur le nombre des naissances des veaux en élevage allaitant

Rapport final

Collection Résultats

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Ce travail a été réalisé par Béatrice MOUNAIX (Institut de l’Elevage)

Avec l’appui du groupe de projet de l’Institut de l’Elevage Danièle RIBAUD (Service Biométrie) Benoist PIEDNOIR, Mireille PASCAL et Yoann PROUDOM (Service Systèmes d’information, identification et traçabilité animale) Jean DEVUN (Service Fourrage et conduite des troupeaux allaitants) Pierre PACCARD (Service Conduite et traite des troupeaux laitiers) Laurence ECHEVARRIA, Patrick SARZEAU, Frédéric BECHEREL, Jean-Paul BELLAMY, Julien BELVEZE, Sylvie BROUARD, Marion KENTZEL, Loïc MADELINE, Philippe TRESCH (Département des Actions Régionales) Valérie DAVID, Renée de CREMOUX, Audrey CHANVALLON et Fatah BENDALI (Service Bien-être animal, Santé, Hygiène et Traçabilité)

Avec les avis du Comité de Pilotage : Gérard BOSQUET (SNGTV) Didier CALAVAS et Jean-Baptiste PERRIN (Anses, Laboratoire de Lyon) Françoise DION (Races de France) Christophe FOUILLAND (CA de Saône et Loire) Christine FOURICHON et Henri SEEGERS (ONIRIS-Nantes) Susana GOMEZ (APCA) Marie-Claude GUERRIER-CHATELLET et Coralie SELOSSE (GDS France) Etienne PETIT (FRGDS Bourgogne) Claire PONSART (LNCR, UNCEIA)

Financement : Ce travail a bénéficié du soutien financier de France Agri Mer.

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Résumé Une baisse du nombre des naissances des veaux de race à viande a été observée en 2009 au niveau national grâce au suivi des données enregistrées dans la BDNI. Cette baisse, évaluée à 2,7% par rapport aux naissances enregistrées en 2008 chez les élevages naisseurs, intervient après les deux épizooties de FCO de 2007 et 2008 dont les impacts, particulièrement ceux concernant la production, ont été estimés de façon incomplète (Mounaix et al, 2008b). Cette baisse s’accompagne d’un décalage d’une partie des vêlages. Cette étude s’est donc donné pour objectif d’évaluer l’impact de la FCO sur le nombre des naissances de veaux dans les élevages allaitants. Elle a été réalisée chez les élevages naisseurs, pour les 3 principales races allaitantes : Limousine, Charolaise et Blonde d’Aquitaine. Une méthode d’étude adaptée a été élaborée pour analyser les naissances par campagne de vêlage et calculer un indicateur de la productivité des troupeaux à partir des données enregistrées dans la BDNI. Pour analyser l’impact de la FCO, 7 zones géographiques ont été définies correspondant à des situations épidémiologiques différentes. Quelle que soit la zone, l’indicateur de productivité des troupeaux diminue significativement durant la campagne qui suit l’épizootie. Dans la zone Est touchée par la FCO en 2007, voire dès 2006 dans certains départements, la baisse de l’indicateur de productivité est observée durant la campagne 2007/2008. Dans les zones touchées par la FCO en 2008 (bassin Limousin et bassin Charolais), la baisse intervient durant la campagne 2008/2009. Les résultats ne sont pas conclusifs dans le Sud Ouest, touché en 2008 par le virus BTV1, en raison de la grande variabilité des résultats de reproduction des femelles de race Blonde d’Aquitaine dans cette zone, même si une diminution de la productivité des troupeaux est observée en 2008/2009. La Bretagne, très faiblement touchée en 2008 ne présente aucune variation significative de la productivité des troupeaux des 3 principales races allaitantes, alors que les départements limitrophes marquant le front ouest de l’épizootie de 2008 montrent une baisse significative en 2008/2009. Ces résultats confirment l’hypothèse d’un impact de la FCO se manifestant à la fois par une baisse du nombre des naissances et par un décalage des vêlages dans le temps durant la campagne qui suit l’épizootie. Cet impact reste toutefois modéré au niveau national et n’affecte que la campagne concernée.

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Sommaire Introduction :............................................................................................................................. 5  I.  Matériel et Méthode .......................................................................................................... 7  1.  Définition des zones épidémiologiques ......................................................................... 7  2.  Les données utilisées dans la Base de Données Nationale de l’Identification (BDNI) .. 8  3.  L’indicateur de productivité des troupeaux .................................................................... 9  4.  Les traitements statistiques ........................................................................................... 9  II.  Résultats ......................................................................................................................... 10  1.  Une baisse de productivité des troupeaux est observée dans les bassins de production touchés par la FCO en 2008 ............................................................................. 10  2.  Dans l’Est, la baisse de productivité intervient en 2007/2008 ..................................... 10  3.  Dans l’ouest, des résultats différents selon la zone .................................................... 11  III.  Discussion : un impact probable de la FCO au moment des mises à la reproduction et au tout début des gestations .................................................................................................. 12  IV.  Conclusion générale .................................................................................................... 14  Références bibliographiques .................................................................................................. 16  Annexe 1 ................................................................................................................................ 17  Table de correspondance Types raciaux / Types de production ........................................ 17  Annexe 2 : Descriptif préliminaire des variations du nombre des naissances de veaux de races allaitantes ..................................................................................................................... 18  1.  Matériel et méthode ..................................................................................................... 18  1.1.  Les données utilisées ........................................................................................... 18  1.2.  Les indicateurs analysés ...................................................................................... 18  1.3.  Définition des bassins de production par race ..................................................... 19  2.  Résultats...................................................................................................................... 19  2.1.  Descriptif général des élevages foyers et non foyers ........................................... 19  2.2.  Description des élevages naisseurs stricts .......................................................... 21  2.3.  Variations entre campagnes du nombre de naisseurs ......................................... 22  2.4.  Variations entre campagnes du nombre des naissances de veaux ..................... 23  2.5.  Variations entre campagnes du nombre de naissances mensuelles ................... 23  Annexe 3 : Comparaison de la productivité des troupeaux chez les élevages naisseurs foyers et non foyers ................................................................................................................ 26  1. Traitements statistiques pour comparer les élevages foyers aux élevages non foyers .. 26  2.  Résultats :.................................................................................................................... 26  3.  Conclusion : la comparaison foyers / non foyers n’est pas pertinente pour l’analyse . 27 

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Introduction : Après une 1ère incursion de la maladie dans le Nord durant l’été 2006, la France (hors Corse) a connu deux épisodes successifs majeurs de FCO, en 2007 et en 2008. Ces deux épisodes ont été très différents, en particulier par leur extension géographique sur le territoire français et par les niveaux de prévalence dans les différentes zones touchées, mais également par les virus impliqués (BTV8 ou BTV1). Malgré la mise en œuvre de mesures de police sanitaire (revue dans Drouet, 2010), la maladie due au BTV8 s’est rapidement propagée depuis le Nord vers le centre de la France en 2007 pour dépasser 15 000 élevages déclarés foyers fin 2007. En 2008, à la reprise de l’activité vectorielle, la propagation vers le Sud s’est poursuivie et plus de 27 000 élevages foyers ont été répertoriés. La maladie due au BTV1 est quant à elle apparue dans le Sud Ouest de la France avec 3 foyers déclarés en 2007. En 2008, elle a progressé vers le nord et l’est avec près de 5000 foyers déclarés. Près d’une centaine d’élevages ont par ailleurs été déclarés foyers pour les deux sérotypes. Dès l’hiver 2008-2009, la vaccination obligatoire contre les sérotypes 1 et 8 a été mise en place dans les troupeaux de bovins et d’ovins et très peu de cas ont été constatés en 2009 (83 élevages foyers). Dès son arrivée, et en raison de la méconnaissance des effets de la maladie chez les bovins, la FCO a fait l’objet d’une attention particulière de la part des professionnels de l’élevage et a suscité plusieurs études et enquêtes aux niveaux régional comme national, pour estimer ses impacts technico-économiques (revue des travaux menés au niveau régional en 2007 dans Mounaix et al, 2008a). La communauté scientifique a également apporté sa contribution et plusieurs études ont été initiées pour répondre aux interrogations suscitées par cette maladie émergente en France, dont certaines ont été centralisées dans le cadre du Réseau Français de la Santé Animale (bilan des travaux présenté dans le numéro Hors Série n° 35 Spécial FCO du Bulletin Epidémiologique AFSSA-DGAl, Mars 2010 et en ligne sur le site du RFSA : www.rfsa.net). Les impacts de la FCO ont ainsi été décrits, et, en particulier, les impacts sur la reproduction (revue des signes cliniques dans Zanella et al, 2010). Des travaux similaires ont été menés à l’étranger, en particulier aux Pays Bas et en Belgique où les élevages bovins ont été fortement touchés par la FCO dès 2006 (Elbers et al, 2008 et 2009 ; Dal Pozzo et al, 2009 ; Saegerman et al, 2008). Tous les travaux engagés confirment chez les animaux touchés une augmentation des problèmes de fertilité des mâles et des femelles, une augmentation du nombre des avortements et un accroissement du nombre de veaux morts nés. Les travaux expérimentaux décrivent en partie les mécanismes physiologiques qui expliquent les impacts observés, mais plusieurs zones d’ombre persistent encore pour expliquer la variabilité des expressions cliniques (Zientara, 2010). Par ailleurs, une très forte diversité des niveaux d’impact a été constatée dans les élevages touchés (Mounaix et al, 2008b) mais les facteurs déterminants du niveau d’impact restent méconnus. Dans ce contexte, la baisse du nombre de naissances de veaux de race à viande observée en 2009 (Figure 1) permet de s’interroger sur un possible effet de la FCO. Cette baisse apparaît dans les données enregistrées dans la Base des Données Nationales de l’Identification des bovins (BDNI). Les naissances de bovins de races à viande enregistrées en 2009 apparaissent inférieures en nombre absolu à celles enregistrées les années précédentes. Chez les élevages naisseurs, la différence correspond à 2,7% de veaux en moins par rapport à la campagne précédente (Annexe 2).

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Figure 1. Effectifs de veaux de races à viande nés en France en 2007, 2008 et 2009. (Source BDNI, B. Piednoir, com. pers.) Cette baisse du nombre des naissances n’est pas directement explicable par une modification de la conduite des élevages ou de la qualité des fourrages, et l’hypothèse d’un impact de la FCO paraît très vraisemblable. Il s’agissait en effet d’un des impacts à moyen terme envisagés dans une étude précédemment menée par l’Institut de l’Elevage (Mounaix, 2009), mais qui ne pouvait pas être mesuré alors, faute de recul suffisant (campagne de vêlages inachevée). Une diminution des naissances a également été constatée au niveau local dans plusieurs régions, par les GDS ou les EDE. La baisse du nombre de des naissances s’accompagne d’un étalement des vêlages : elle est observée en 2008/2009 au moment du pic des vêlages, mais un rattrapage partiel intervient au cours des mois suivants, à des périodes où les mises-bas sont généralement moins nombreuses, indiquant un probable décalage dans le temps des vêlages (Annexe 2). Cet effet d’étalement des vêlages a également été observé dans plusieurs bassins de production, et va dans le sens de l’hypothèse d’un impact de la FCO. Cette étude a eu pour objectif d’évaluer l’impact de l’épizootie de FCO sur le nombre de naissances des veaux enregistrées dans les élevages allaitants. Elle a été réalisée à partir d’une analyse statistique visant à comparer les résultats d’élevages situés dans des zones géographiques correspondant à des dates d’arrivée et des niveaux de prévalence de FCO différents. En annexe, sont présentées deux analyses réalisées dans une première partie exploratoire de cette étude : une description détaillée des variations du nombre des naissances dans les principales races à viande, et l’analyse statistique de la productivité des troupeaux visant à comparer les élevages déclarés foyers et ceux non déclarés foyers.

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I. Matériel et Méthode 1. Définition des zones épidémiologiques Sept zones ont été définies, correspondant à des races et à des scénarii de FCO différents. (Tableau 1, Figure 2). Ces zones sont constituées d’un regroupement de départements et considérées comme homogènes pour ce qui concerne le sérotype présent (BTV8 ou BTV1), l’année de l’épizootie principale (2007 ou 2008) et pour la race considérée. Tableau 1. Descriptif des 7 zones géographiques définies. FCO Zone Départements regroupés Année - sérotype CHARE Zone Charolaise Est F07 - BTV8 08, 51, 55, 54, 57, 67 CHAR1 Bassin Charolais 1 F07 - BTV8 18, 58, 21 CHAR2 Bassin Charolais 2 F08 - BTV8 03, 71, 63, 42 LIMOU Bassin Limousin F08 - BTV8 19, 23, 87 SUDOU Sud Ouest F08 - BTV1 64, 65, 31, 09, 32, 47, 33 14, 61, 72, 53, 49, 44, OUEST F08 - BTV8 85, 79 BRET Bretagne F08 - BTV8 29, 22, 56

Races ciblées Charolaise Charolaise Charolaise Limousine Blonde Les 3 races Les 3 races

Figure 2. Zones épidémiologiques définies pour l’étude. La prévalence des élevages naisseurs déclarés foyers de FCO est indiquée, en proportion du nombre d’élevages naisseurs total du département. Les 5 premières zones correspondent à des niveaux forts de prévalence d’un seul sérotype, BTV8 ou BTV1 selon la zone. L’analyse des résultats de reproduction de 4 campagnes successives dans ces différentes zones permettra donc de tester l’effet de la FCO en considérant que la présence massive du virus dans la zone géographique est un facteur de risque suffisant pour avoir eu un impact dans la majorité des élevages de la zone. Dans les faits, cette hypothèse n’est pas vérifiée. En 2007 comme en 2008, lorsqu’un département 7

était touché par la FCO, les niveaux de prévalence du virus n’étaient pas toujours homogènes sur tout le département et un gradient a pu être observé dans certains d’entre eux, avec des cantons peu ou pas touchés et des cantons où la majorité des élevages étaient déclarés foyers de FCO et présentaient des cas cliniques (voir les travaux de Durand et al. présentés sur le site du rfsa : www.rfsa.net). Néanmoins, au niveau national, cette échelle d’agrégation paraît suffisante pour observer d’éventuels effets des 2 épizooties sur les résultats de reproduction. La zone Ouest correspond au front ouest d’extension de l’épizootie de FCO en 2008. La zone Bretagne constitue une zone supposée indemne de FCO en 2007 et qui a été relativement peu atteinte par la maladie en 2008.

2. Les données utilisées dans la Base de Données Nationale de l’Identification (BDNI) Les données utilisées proviennent d’une extraction de la BDNI, base de données de référence du Ministère de l’Agriculture concernant l’identification et la traçabilité des bovins en France. La BDNI comporte une information exhaustive des mouvements de tous les bovins présents dans tous les élevages français. Ces mouvements correspondent aux différents évènements de la carrière de l’animal : naissance, mort, et diverses causes d’entrée ou de sortie de l’élevage. Les données analysées concernent les mouvements des bovins présents entre le 1er août 2005 et le 31 juillet 2009 dans les élevages de type « élevage allaitant », c’est à dire les élevages détenant moins de 5 vaches de race laitière et au moins 5 vaches de race allaitante. Cette définition est issue de la typologie utilisée par l’Institut de l’Elevage. La liste des races prises en compte est présentée en Annexe 1. Trois races sont plus particulièrement étudiées : Limousine (code 34), Charolaise (code 38), et Blonde d’Aquitaine (code 79). Pour les besoins de l’étude, les données ont été regroupées en 4 campagnes de vêlage: ‐ Campagne 2005/2006 : du 1er août 2005 au 31 juillet 2006 ‐ Campagne 2006/2007 : du 1er août 2006 au 31 juillet 2007 ‐ Campagne 2007/2008 : du 1er août 2007 au 31 juillet 2008 ‐ Campagne 2008/2009 : du 1er août 2008 au 31 juillet 2009 Ces campagnes correspondent à la définition des campagnes utilisée par Bovins Croissance. Un descriptif du nombre des naissances observées durant ces 4 campagnes est présenté dans les résultats, avec une ventilation par race. Une classification des élevages allaitants a été utilisée pour typer l’orientation de la production de chaque élevage. Cette classification est basée sur l’analyse des ratios de mouvements de sortie. Cinq catégories sont ainsi distinguées successivement : ‐ Les élevages à profil indéterminé (EALL_INDE) ‐ Les producteurs de veaux sous la mère (EALL_VSLM) ‐ Les naisseurs stricts (EALL_NAIS) ‐ Les naisseurs engraisseurs de bœufs (EALL_NEBE) ‐ Les naisseurs engraisseurs de Jeunes Bovins (EALL_NEJB) Le typage des élevages naisseurs est effectué à partir des mouvements de sortie des mâles de plus de 6 mois. Ainsi la part des génisses nées dans l’élevage et conservées pour l’engraissement n’est pas prise en compte pour établir cette typologie. Compte-tenu des objectifs de l’étude et de la nature des indicateurs calculés (voir I.3), en particulier le nombre de mères potentielles, il a été décidé de limiter l’étude aux seuls 8

naisseurs stricts. En effet, dans les autres catégories de naisseurs, la part des femelles conservées pour l’engraissement est plus importante. Les élevages à profil indéterminé ont été écartés de l’étude car trop diversifiés, de même que les éleveurs de veaux sous la mère qui ne représentent qu’une faible part de la population totale des éleveurs allaitants et engraissent une partie de leurs animaux. Pour ne pas prendre en compte une trop forte variabilité liée à des élevages d’effectifs restreints, il a été décidé de limiter l’étude aux élevages ayant enregistré plus de 15 vêlages durant la campagne 2008/2009 et ayant plus de 15 femelles présentes sur l’exploitation en 2008/2009.

3. L’indicateur de productivité des troupeaux Pour prendre en compte une évolution possible des cheptels depuis 2005, un indicateur de la productivité du troupeau a été calculé pour chaque exploitation de type « naisseur » et à chaque campagne. L’indicateur de productivité du troupeau a été calculé comme le rapport du nombre de veaux nés sur le nombre des femelles susceptibles d’être mises à la reproduction. Le nombre de femelles susceptibles d’être mises à la reproduction a été estimé en comptabilisant : ‐ les femelles ayant déjà vêlé (nombre de femelles multipares), ‐ les femelles nées durant la campagne n-3, considérées comme les génisses, c’est à dire les femelles n’ayant jamais vêlé, susceptibles d’être candidates à la reproduction (nombre de nullipares). Ce calcul a été réalisé le 31 juillet de la campagne n-1 et comporte 3 biais principaux : ‐ il intègre aux mères potentielles des femelles en fin de carrière présentes dans l’élevage pour y être réformées et qui ne participent donc pas à la reproduction, ‐ il ne prend pas en compte les génisses qui vêlent à 2 ans, ‐ il intègre dans certains élevages les génisses en finition. En outre, compte-tenu du mode de calcul, le nombre de femelles est fixe pour une campagne donnée et n’intègre pas les variations possibles des cheptels durant la campagne (par exemple, des achats de femelles gestantes). Malgré ces réserves, il s’agit d’une approche simple pour calculer, à partir de la BDNI, le nombre de femelles susceptibles d’être mises à la reproduction. Pour plus de simplicité, cet indicateur sera nommé « productivité du troupeau», bien qu’il ne corresponde pas exactement à la définition habituelle de ce terme. Faute de prise en compte des effectifs par race, il n’a été calculé que dans les élevages qui ne comportent qu’une seule race.

4. Les traitements statistiques Un modèle de régression mixte a été construit pour analyser les variations des différences de productivité des troupeaux. Ces différences ont été calculées pour les élevages présents durant les 4 campagnes et situés dans les 7 zones épidémiologiques définies. La variable explicative prise en compte dans le modèle a donc été la campagne. Un effet aléatoire « élevage » a été également inclus au modèle pour prendre en compte la variabilité inter-élevages. Le traitement a été effectué séparément pour chacune des races : Limousine, Charolaise et Blonde d’Aquitaine. Les traitements statistiques ont été réalisés avec le logiciel SAS. 9

II. Résultats 1. Une baisse de productivité des troupeaux est observée dans les bassins de production touchés par la FCO en 2008 Dans toutes les zones touchées par la FCO en 2008, une baisse significative de la productivité des troupeaux est observée durant la campagne qui suit l’épizootie (Tableau 2, femelles multipares). Tableau 2. Indicateur de productivité des troupeaux (femelles multipares) Campagne LIMOU SUDOU OUEST CHAR1 CHAR2 BRETA 0506 0,77 0,68 0,68 0,80 0,79 0,79 0607 0,77 0,70 0,69 0,79 0,78 0,78 0708 0,78 0,68 0,70 0,79 0,80 0,77 0809 0,73 0,64 0,66 0,76 0,76 0,77 P-Test